员工离职时公司扣除培训费是否合法，需根据具体情况判断，主要包括是否签订了服务期协议、培训的性质以及培训费用的合理性和真实性等因素。以下是对此问题的详细分析：
合法扣除培训费的情况
签订了服务期协议且员工违约：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，若用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与其订立了约定服务期的协议，劳动者违反该约定时，应按照协议支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 实例说明：公司花费5万元送员工参加专业技能培训，并约定了5年的服务期。若员工在服务期内离职，公司有权根据协议扣除相应的违约金，如员工已服务2年，则最多可扣除3万元（即5万元÷5年×3年）作为违约金。
符合保密或竞业限制协议：
- 若劳动者与用人单位签订了保密协议或竞业限制协议，并违反了相关约定，且培训费用与这些协议有直接关联，并在协议中有明确约定，那么公司扣除相应费用也可能是合法的。
- 实例说明：员工作为公司技术骨干，接受公司提供的竞业限制培训并签订协议后离职，随即违反协议到竞争企业任职，则需向公司支付包括竞业限制培训费用在内的违约金。
不合法扣除培训费的情况
未签订服务期协议或未违约：
- 若双方未签订服务期协议，或员工虽签订了协议但未违反服务期约定，公司擅自从员工工资中扣除培训费是违法的。
- 实例说明：员工因个人职业发展规划原因离职，且公司未为其提供专项培训并签订服务期协议，则公司无权扣除培训费。
常规职业培训：
- 用人单位对员工进行的一般职业技能培训，如公司规章制度培训、基本业务操作培训等，属于用人单位的法定义务和员工福利，不得在员工离职时扣除所谓的“培训费”。
- 实例说明：公司对新入职员工进行的企业文化、办公流程等简单培训，不属于专项技术培训，员工离职时无需支付培训费。
未提供实际培训或证据不足：
- 若公司无法提供支付凭证、培训记录等确凿证据证明实际开展了培训活动并支出了培训费用，那么在员工离职时扣除培训费是不合法的。
- 实例说明：公司声称为员工提供了专项培训，但无法提供相关费用支付凭证或培训记录，员工离职时公司无权扣除培训费。
约定不明确或未经协商一致：
- 若用人单位与员工就培训费用、服务期等事项没有进行明确的书面约定，或虽有约定但未经员工本人签字确认、协商一致，公司单方面扣除培训费也是不合法的。
建议与注意事项
- 协商与调解：面对培训费扣除争议，双方应首先尝试协商解决。协商不成时，可寻求第三方调解或向劳动局申请劳动仲裁。
- 保留证据：员工在面临公司扣除培训费的情况时，应要求公司提供支付凭证、培训记录等确凿证据证明实际开展了培训活动并支出了培训费用。若公司无法提供，则员工有权拒绝支付。
- 了解法律法规：建议双方在签订劳动合同时，明确培训费用及赔偿条款，并在面临离职问题时，先了解相关法律法规和合同条款再作决定。
综上所述，员工离职时公司扣除培训费的合法性需根据具体情况而定。双方应明确约定、遵守法律法规，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。