针对您提出的“无取水许可证的机井已经纳入管理是否违法”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据《中华人民共和国水法》第四十八条的规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，必须按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，以取得取水权。这是法律对取水行为的明确规定，也是保障水资源合理利用和保护的重要措施。

对于无取水许可证的机井，即使已经纳入管理，但如果没有依法申请并获得取水许可证，那么这种行为仍然是违法的。因为纳入管理并不等同于获得了合法的取水权，取水许可证是取水行为的合法凭证，没有它，取水行为就缺乏法律依据。

进一步地，根据《水法》第六十九条的规定，对于未经批准擅自取水的行为，县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构有权责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以二万元以上十万元以下的罚款。这一规定明确了对违法取水行为的处罚措施，体现了法律对水资源保护的严肃性。

此外，从实际案例来看，如天河区洗车店因非法取水受罚的案例，就充分说明了未经批准擅自取水的严重后果。该洗车店因未经批准擅自抽取地下水，不仅被责令拆除取水装置，还被追缴了非法取水期间的水资源费，并受到了罚款处理。这一案例再次强调了依法取水的重要性。

综上所述，无取水许可证的机井即使已经纳入管理，仍然是违法的。为了保障水资源的合理利用和保护，我们必须严格遵守国家的取水许可制度和水资源有偿使用制度，依法申请并获得取水许可证后，方可进行取水行为。