结论：档案里的合同单位不在了，依然有可能补缴社会保险，但需要分情况处理，具体取决于单位注销状态、社保缴纳历史记录以及当地社保政策。

1. 如果原单位只是“不在了”但未正式注销
   若原单位仍存在（例如只是搬迁、更名或停业但未办理工商注销），您可以直接联系原单位，要求其补缴欠缴的社保费用。根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须按时足额缴纳社会保险费，未缴纳的需补缴并承担滞纳金。若单位拒绝，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 如果原单位已正式注销
   若单位已注销，补缴社保的流程会复杂一些，但仍有途径可尝试：

   • 查找单位注销后的责任承接方：若单位注销时有清算组或股东承接了债务，您可要求承接方补缴社保（根据《公司法》第一百八十四条，清算组需处理公司债务，包括社保欠费）。
     
   • 申请社保部门协助追缴：若单位无承接方或承接方拒绝补缴，您可向当地社保部门提交材料（如劳动合同、工资记录、社保缴费记录等），申请由社保基金先行垫付，再由社保部门向原单位或其责任人追偿（部分地区支持此操作，需以当地政策为准）。
     
   • 通过法律途径主张权益：若单位注销时存在恶意逃避社保缴费的情形，您可向法院起诉原单位股东或实际控制人，要求其在未缴社保范围内承担赔偿责任（需结合《公司法》及《劳动合同法》相关条款）。

3. 关键注意事项

   • 证据收集：无论哪种情况，您需保留与原单位的劳动关系证明（如劳动合同、工资条、工作证等）以及社保缴费记录（如社保个人权益记录单），这些是主张权益的核心依据。
     
   • 时效限制：社保补缴一般不受普通劳动争议1年仲裁时效的限制，但部分地区可能要求在单位注销后一定期限内申请（如2年内），建议尽快处理。
     
   • 政策差异：各地社保政策可能存在差异（例如部分地区对已注销单位的补缴流程有特殊规定），建议您直接联系当地社保局或劳动监察部门确认具体操作。

建议行动步骤：

1. 先通过国家企业信用信息公示系统查询原单位是否已注销；
   
2. 若未注销，直接联系单位要求补缴；若已注销，收集证据并向社保部门申请协助；
   
3. 若遇到阻力，可携带材料向我进一步咨询，我会帮您分析具体操作方案。