结论：非婚生子女父母感情破裂分开后，男方可以带着孩子单独做亲子鉴定，但需注意鉴定程序合法性及后续可能涉及的法律问题。以下从多个角度详细分析：

一、男方单独做亲子鉴定的法律基础

1. 个人权利角度：男方作为孩子的生物学父亲（或疑似父亲），有权通过科学手段确认与孩子的亲子关系。这种权利源于个人对身份关系的知情权，不受婚姻状态或父母感情状况的限制。

2. 法律程序角度：亲子鉴定属于民事鉴定范畴，男方可以自行委托具有资质的司法鉴定机构进行鉴定。鉴定机构在接受委托时，会要求男方提供身份证明、与孩子的关系证明（如出生证明、户口本等）以及孩子的身份证明（如出生证明、户口本或身份证等）。

二、鉴定过程中的注意事项

1. 孩子同意问题：

   • 若孩子已满8周岁，根据《民法典》相关规定，应当尊重其真实意愿。因此，在做亲子鉴定前，最好征得孩子的同意，避免对其造成心理伤害。
   • 若孩子未满8周岁，属于无民事行为能力人，其同意不是必要条件，但男方仍应考虑孩子的感受，尽量以温和、理解的方式处理。

2. 鉴定机构选择：

   • 男方应选择具有司法鉴定资质的机构进行鉴定，以确保鉴定结果的合法性和有效性。
   • 可以查询当地司法局或司法鉴定协会的官方网站，获取具有资质的鉴定机构名单。

3. 鉴定费用与时间：

   • 亲子鉴定的费用因机构而异，男方应提前了解并准备好相关费用。
   • 鉴定时间也因机构而异，一般需要几天到几周不等，男方应合理安排时间。

三、鉴定结果可能引发的法律问题

1. 确认亲子关系：

   • 若鉴定结果确认男方与孩子存在亲子关系，男方将承担抚养义务，包括提供生活费、教育费、医疗费等。
   • 同时，男方也享有对孩子的探视权、监护权等权利。

2. 否认亲子关系：

   • 若鉴定结果否认男方与孩子存在亲子关系，男方将不再承担抚养义务。
   • 但若男方此前已实际抚养了孩子，且孩子并非由男方故意欺骗或误导而抚养，男方可能仍有权要求返还部分抚养费用（具体需根据实际情况和法院判决确定）。

3. 后续法律纠纷：

   • 无论鉴定结果如何，都可能引发后续的法律纠纷，如抚养权争夺、抚养费支付、探视权行使等。
   • 男方应做好应对这些纠纷的准备，必要时可寻求专业律师的帮助。

四、建议与提醒

1. 保持冷静与理性：在处理亲子鉴定问题时，男方应保持冷静与理性，避免情绪化决策。
2. 尊重孩子感受：无论孩子年龄大小，男方都应尊重其感受，尽量以温和、理解的方式处理亲子鉴定问题。
3. 寻求专业帮助：若男方对亲子鉴定程序、法律后果等存在疑问或担忧，可寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到妥善保护。

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