结论：办税人因理解税法错误而抵扣了农产品导致少交税，可能承担行政责任，若存在主观故意还可能涉及刑事责任。以下从不同角度详细分析：
行政责任角度
- 补缴税款及滞纳金
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
- 例如，办税人少交了10万元的税款，从应缴纳税款之日起，每逾期一天，就需要额外缴纳10万×0.0005 = 50元的滞纳金，直到税款和滞纳金全部缴纳完毕。
- 罚款
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 虽然办税人是理解税法错误，但如果税务机关认定其存在过失导致少缴税款，也可能按照上述规定进行罚款。比如少缴税款10万元，税务机关可能处以5万元 - 50万元的罚款。
- 另外，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条，纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。如果办税人抵扣农产品时编造了虚假的计税依据，就可能面临这样的处罚。
刑事责任角度
如果办税人存在主观故意，即明知自己的行为会导致少交税款，仍然故意为之，且少交税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，就可能构成逃税罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 例如，某企业应纳税额为100万元，办税人通过错误抵扣农产品的方式少交税款20万元，20万元占应纳税额的20%，超过了10%，如果被认定为故意逃税，就可能面临刑事处罚。不过，如果纳税人在公安机关立案前已足额补缴应纳税款、滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
其他建议
- 主动纠正错误：办税人一旦发现自己理解税法错误导致少交税，应尽快主动向税务机关申报并补缴税款、滞纳金，争取从轻处理。
- 加强税法学习：为了避免类似情况再次发生，办税人应加强对税法知识的学习，可以参加税务部门组织的培训、学习相关税法法规和政策解读等。
如果你在税务方面还有其他疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。