在刑事执法中，认定纳税人应纳税款的依据主要围绕税收法律法规、财务会计资料、交易凭证及第三方证据展开，具体分析如下：

1. 税收法律法规的直接适用
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》及各税种单行法（如《企业所得税法》《增值税暂行条例》），应纳税款的认定首先以法定税率、计税依据和纳税义务发生时间为核心。例如：

   • 企业所得税的应纳税所得额需按税法规定调整会计利润（如扣除不征税收入、加回不允许扣除的支出）；
     
   • 增值税的计税依据为销售额或进口货物完税价格，需排除法定免税、减税项目。
     关键点：税务机关需严格依据法律条文，不得擅自扩大或缩小税基。

2. 财务会计资料的审查
   纳税人的账簿、记账凭证、报表等是认定应纳税款的基础证据。刑事执法中需重点核查：

   • 真实性：是否存在伪造、变造账簿或“两套账”行为；
     
   • 完整性：是否隐瞒收入、虚增成本或转移利润；
     
   • 一致性：会计处理与税法规定是否冲突（如收入确认时点、费用扣除标准）。
     示例：若企业通过个人账户收款未入账，税务机关可依据银行流水、合同等证据核定收入。

3. 交易凭证与第三方证据的补强
   当纳税人账簿资料不完整或存在疑点时，刑事执法可调取以下证据：

   • 合同、发票：验证交易真实性及金额；
     
   • 物流单据、资金流水：佐证货物或服务流转；
     
   • 第三方机构报告：如审计报告、资产评估报告；
     
   • 证人证言：如员工、客户或供应商的陈述。
     案例：在虚开增值税专用发票案中，税务机关会通过比对开票方与受票方的货物流向、资金回流等证据，认定是否存在“票货分离”的违法行为。

4. 核定征收的法定情形
   若纳税人存在以下情形，税务机关可依法核定应纳税款：

   • 依照法律、行政法规规定可不设置账簿的；
     
   • 擅自销毁账簿或拒不提供纳税资料的；
     
   • 虽设置账簿，但账目混乱或成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的。
     核定方法：包括参照同类行业利润率、成本加成法、核定收入额等，需确保程序合法并留存证据。

5. 刑事执法中的特殊规则
   在涉税刑事案件中，认定应纳税款还需满足刑事证据标准（如排除合理怀疑），并注意：

   • 证据合法性：严禁通过刑讯逼供、威胁、引诱等方式获取证据；
     
   • 税款计算时效：通常追溯至犯罪行为发生之日起5年内（特殊情况可延长至10年）；
     
   • 与行政执法的衔接：若税务机关已作出行政处理决定，刑事执法可采纳其核定的税款数额，但需审查其合法性。

总结：刑事执法中认定应纳税款需以法律为准绳，以财务资料为基础，结合交易凭证和第三方证据形成完整证据链。若您涉及具体案件或需进一步分析，可直接向我咨询，我将结合案情提供专业意见。