收款单位与合同单位不一致时，财政部门可能根据具体情况采取不同的处罚措施，主要包括责令改正、罚款等，具体取决于违规的性质和严重程度。以下从不同角度详细分析：

1. 合同效力与资金安全角度
   若收款单位与合同单位不一致，可能涉及合同主体变更未履行法定程序（如未签订补充协议或未取得原合同方书面同意），此时财政部门可能依据《民法典》合同编相关规定，认定资金支付行为存在瑕疵。若存在虚构交易、套取资金等情形，可能触发《财政违法行为处罚处分条例》第十一条，对单位处以警告或通报批评，并责令退回直接负责的主管人员和其他责任人员所得的赃款赃物，同时可处以罚款（个人3000元以下，单位3000元至5万元）。

2. 税务合规角度
   若收款单位与合同单位不一致导致发票开具方与实际收款方不符，可能构成虚开发票行为。根据《税收征收管理法》第六十四条，财政部门（通常与税务部门联动）可责令限期改正，并处以5万元以下罚款；情节严重的，处5万元至50万元罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

3. 政府采购与专项资金管理角度
   在政府采购或专项资金使用场景中，若收款单位与合同单位不一致且未履行变更报备手续，财政部门可能依据《政府采购法实施条例》第七十二条，对采购人或代理机构处以警告、罚款（10万元以下），并责令限期改正；对直接负责的主管人员和其他责任人员给予处分。若涉及骗取财政资金，还可能依据《财政违法行为处罚处分条例》第十四条，追回被骗取的资金，并对单位处以骗取金额10%至50%的罚款，对责任人员处以2000元至2万元罚款。

建议措施：

• 立即核查合同变更的合法性（如是否经双方书面确认、是否涉及主体资格变更等）；
  
• 整理资金流向凭证、沟通记录等证据，评估是否存在主观恶意；
  
• 若已收到财政部门整改通知，应在规定期限内提交书面说明及整改方案；
  
• 涉及税务问题的，需同步与税务机关沟通，避免行政处罚升级。
  

如需进一步分析具体场景下的法律风险，可直接向我说明合同类型、资金性质等细节。