发票与收款单位不一致是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：
一、可能不合法的情况
涉嫌虚开发票：
- 情形分析：若发票上的开具单位与实际收款单位没有真实的业务往来，或者存在为他人、为自己或介绍他人开具与实际经营业务不符的发票的情况，这很可能被税务机关认定为虚开发票。
- 法律后果：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票将面临没收违法所得及罚款（虚开金额1万元以下可并处5万元以下罚款；超过1万元则并处5万元以上50万元以下罚款）；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
影响税收抵扣与扣除：
- 增值税：若发票信息与实际交易不符，受票方可能无法正常抵扣进项税额，依据《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条，纳税人购进货物、劳务等取得的增值税扣税凭证不符合规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
- 企业所得税：不符合规定的发票不能作为税前扣除凭证，根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第十二条，企业取得私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开、填写不规范等不符合规定的发票，不得作为税前扣除凭证。
违反财务制度：
- 情形分析：发票与收款单位不一致可能违反企业内部财务管理制度，导致财务管理混乱，影响企业财务信息的真实性和准确性。
- 处理方式：企业应依据内部财务制度对责任人进行批评教育、警告、罚款等处罚，并要求调整账目以确保财务信息准确合规。
二、可能合法的情况
存在合法委托关系：
- 情形分析：若发票上的开具单位与实际收款单位之间存在合法的委托代收关系，且能够提供相关的证明材料（如委托协议、代收说明等），则这种不一致可能是合法的。
- 操作建议：在这种情况下，应确保委托协议内容明确、合法，且双方均遵守协议约定。同时，发票上应注明与收款单位的关系（如代收等），以便客户/购买方了解实际情况。
集团内部结算：
- 情形分析：在集团企业内部，可能存在集团内部结算的情况，即一个子公司开具发票，但款项由另一个子公司收取。若这种安排符合集团内部的财务管理规定，且能够提供相关的证明材料，则这种不一致也可能是合法的。
- 操作建议：集团企业应建立完善的内部财务管理制度，明确集团内部结算的流程和规范。同时，应确保相关证明材料的真实性和完整性，以备税务机关检查。
三、建议与应对措施
- 及时沟通解决：发现发票与收款单位不一致时，交易双方应立即沟通查明原因并进行纠正。若存在合法委托关系或集团内部结算等情况，应及时提供相关的证明材料。
- 保留相关证据：交易过程中应妥善保存合同、发票、付款凭证等证据，以备检查。这些证据在证明交易真实性和合法性方面具有重要作用。
- 加强内部管理：企业应建立完善的财务管理和审核制度，防止因发票问题引发法律风险。同时，应定期对财务人员进行培训和教育，提高其法律意识和风险意识。
总结来说，发票与收款单位不一致是否合法需根据具体情况判断。若存在合法委托关系或集团内部结算等情况，且能够提供相关的证明材料，则这种不一致可能是合法的；否则，可能涉嫌虚开发票、影响税收抵扣与扣除等违法行为。因此，在交易过程中应严格遵守相关法律法规和财务管理制度，确保发票的真实性和准确性。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。