结论：在正常工伤理赔60万的情况下，后续与员工协商理赔40万，协议应明确双方的基本信息、工伤事实、理赔金额及支付方式、双方的权利与义务、违约责任以及争议解决方式等关键条款。以下是一个详细的协议框架及解释。
协议框架及解释：
双方基本信息：
- 协议应明确列出用人单位（甲方）和员工（乙方）的详细信息，包括姓名、身份证号码、联系方式等，以确保协议的主体明确无误。
工伤事实确认：
- 协议中应详细描述工伤发生的时间、地点、经过以及造成的伤害情况，并确认该工伤已经过相关部门的认定或鉴定。这是协议的基础，确保双方对工伤事实无争议。
理赔金额及支付方式：
- 理赔金额：明确约定甲方同意向乙方支付工伤理赔款共计40万元，这是协议的核心内容。同时，可以注明原本应支付的理赔金额为60万元，但经双方协商，同意以40万元了结此事。
- 支付方式：约定支付的具体方式，如一次性支付或分期支付，并明确支付的时间节点。如果选择分期支付，应详细列出每期的支付金额和时间。
双方权利与义务：
- 甲方义务：甲方应按照协议约定的时间和方式支付理赔款。
- 乙方义务：乙方在收到理赔款后，应放弃对甲方就本次工伤事故的一切权利主张，包括但不限于诉讼、仲裁等。同时，乙方应配合甲方办理相关手续，如提供必要的文件、资料等。
违约责任：
- 约定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任。例如，如果甲方未按时支付理赔款，应支付逾期利息或违约金；如果乙方在收到理赔款后仍主张其他权利，应退还已收到的理赔款并承担甲方因此产生的损失。
争议解决方式：
- 约定如果双方在执行协议过程中发生争议，应如何解决。通常可以选择协商、调解、仲裁或诉讼等方式。为了简化程序，可以在协议中约定仲裁条款，即如果发生争议，双方同意提交至某仲裁机构进行仲裁。
其他条款：
- 根据实际情况，可以在协议中增加其他必要的条款，如保密条款、协议变更和解除的条件等。
示例协议条款：
“一、双方基本信息
甲方（用人单位）：XXX公司，统一社会信用代码：XXX，地址：XXX，联系方式：XXX。
乙方（员工）：XXX，身份证号码：XXX，联系方式：XXX。
二、工伤事实确认
乙方于XXXX年XX月XX日在甲方工作场所发生工伤事故，经相关部门认定/鉴定为工伤。
三、理赔金额及支付方式
- 甲方同意向乙方支付工伤理赔款共计人民币40万元。
- 支付方式：甲方应于本协议签订之日起XX日内一次性支付至乙方指定账户。
四、双方权利与义务
- 甲方应按照本协议约定的时间和方式支付理赔款。
- 乙方在收到理赔款后，应放弃对甲方就本次工伤事故的一切权利主张，并配合甲方办理相关手续。
五、违约责任
如果一方违反本协议约定，应承担违约责任，包括但不限于支付逾期利息、违约金或退还已收到的理赔款等。
六、争议解决方式
如果双方在执行本协议过程中发生争议，应首先通过协商解决；协商不成的，任何一方均有权向XXX仲裁机构申请仲裁。
七、其他条款
本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份。”
注意事项：
- 在签订协议前，建议双方对协议内容进行充分沟通，确保各自权益得到保障。
- 协议签订后，双方应严格按照协议约定履行义务，避免产生不必要的纠纷。
- 如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。