结论：集体土地签订补偿协议后未履行合同，土地使用权登记的合法性需分情况讨论，不能一概而论，关键在于登记行为是否符合法定程序及实体要件。以下从不同角度展开分析：

1. 若土地使用权登记发生在补偿协议签订前，且登记程序合法

• 合法性基础：土地使用权登记是行政机关对土地权属的确认行为，其合法性取决于登记时是否符合《土地管理法》《不动产登记暂行条例》等规定的程序要件（如权属来源清晰、四至范围明确、无权属争议等）。
• 与补偿协议的关系：补偿协议的签订及履行属于民事合同范畴，若登记行为本身合法，即使后续协议未履行，登记效力不受影响。但未履行协议可能构成违约，权利人可通过民事诉讼要求对方承担违约责任（如赔偿损失、继续履行等）。

2. 若土地使用权登记发生在补偿协议签订后，且登记行为与协议内容冲突

• 可能的不合法情形：
  • 程序违法：若登记机关未依法审查补偿协议（如未核实协议真实性、未履行公告程序等），可能因程序瑕疵导致登记行为被撤销或确认无效。
  • 实体违法：若补偿协议明确约定土地使用权归属或限制条件（如“协议生效后土地使用权归甲方所有”），但登记机关仍为原权利人办理登记，可能构成对协议内容的违反，登记行为可能因实体违法被撤销。
• 例外情形：若补偿协议因无效、被撤销或未生效（如未满足法定生效条件），则登记行为不受协议影响，其合法性需单独审查。

3. 未履行补偿协议对土地使用权登记的间接影响

• 行政诉讼风险：若权利人认为登记行为违法，可依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求撤销或变更登记。法院将审查登记行为是否合法，而非直接审查补偿协议的履行情况。
• 民事救济途径：未履行补偿协议本身不直接导致登记行为违法，但权利人可通过民事诉讼要求对方履行协议或赔偿损失。若民事判决确认协议效力及履行内容，可作为后续行政诉讼中主张登记违法的证据。

4. 实务建议

• 核查登记程序：向登记机关申请查阅土地登记档案，确认登记时间、依据及程序是否合法。
• 审查补偿协议：确认协议效力（如是否签字盖章、是否违反法律强制性规定）及履行情况（如是否支付补偿款、是否交付土地）。
• 综合维权路径：若登记行为违法，可同时提起行政诉讼（撤销登记）和民事诉讼（要求履行协议或赔偿）；若登记行为合法，则需通过民事诉讼解决协议纠纷。

提示：土地使用权登记的合法性需结合具体证据（如登记档案、补偿协议、付款凭证等）综合判断。如有进一步疑问或需具体分析，可直接向我咨询。