针对“集体建设用地未与原使用者签订协议怎么办”的问题，首先需要明确的是，处理这类问题应遵循相关法律法规和政策指导，确保处理过程的合法性和合理性。以下是一些建议性的处理步骤和注意事项：
一、明确土地权属和使用权
核查土地权属资料：
- 查阅相关的土地权属证明文件，如土地使用证、土地承包合同等，以明确土地的所有权和使用权归属。
- 若权属证明文件缺失或不明确，应尽快与当地政府土地管理部门联系，进行权属确认。
了解历史使用情况：
- 调查土地的历史使用记录，包括过去的使用方式、使用者变更情况等，以便更好地理解当前问题的背景。
二、协商与沟通
与原使用者协商：
- 尽管未签订书面协议，但应尝试与原使用者进行协商，了解其对土地使用的意见和需求。
- 协商过程中，应尊重历史事实，考虑双方利益，寻求共识。
寻求第三方调解：
- 如协商无果，可邀请当地村委会、土地管理部门或专业调解机构进行调解，以促进双方达成和解。
三、依法处理
依据法律法规处理：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，对未签订协议的土地使用情况进行评估和处理。
- 若原使用者确实存在非法占用土地的情况，应依法要求其退还土地或补办相关手续。
考虑政策因素：
- 结合当地政府的土地政策和规划，对土地的未来使用进行规划和管理。
- 如政策允许，可考虑通过“房票换地票”等创新方式解决历史遗留问题。
四、注意事项
保护双方权益：
- 在处理过程中，应确保双方的合法权益得到保护，避免引发新的矛盾和纠纷。
遵循程序规范：
- 严格按照法律法规和政策要求的程序进行处理，确保处理过程的合法性和公正性。
做好记录和归档：
- 对处理过程中的重要事项和决策进行记录，并妥善归档保存，以备后续查阅和参考。
综上所述，处理集体建设用地未与原使用者签订协议的问题需要综合考虑法律、政策、历史和市场等多方面因素。通过明确土地权属、协商沟通、依法处理和注意相关事项，可以更有效地解决这类问题。