结论：公司若要将基本工资拿出一部分用于考核，且员工不同意，这一做法的合法性需分情况讨论。一般情况下，未经员工同意，公司不得单方面变更工资结构；若公司通过合法程序修改规章制度并明确告知员工，且考核制度合理合法，则可能具有合法性，但员工仍有权提出异议。

详细分析：

1. 未经员工同意，公司不得单方面变更工资结构：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。工资作为劳动合同的重要组成部分，其变更同样需要双方协商一致。
   • 如果公司未经员工同意，擅自将基本工资的一部分用于考核，这实际上是对劳动合同的变更，可能构成违法行为。员工有权拒绝这一变更，并可以要求公司按照原劳动合同支付工资。

2. 公司通过合法程序修改规章制度并明确告知员工，且考核制度合理合法：

   • 如果公司希望通过考核制度来调整工资结构，首先需要通过合法程序修改公司的规章制度，如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定等。
   • 修改后的规章制度需要明确告知员工，并确保员工对考核制度有充分的了解。考核制度本身也需要合理合法，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯员工的合法权益。
   • 在这种情况下，如果员工仍然不同意将基本工资的一部分用于考核，公司可以依据修改后的规章制度进行解释和说明。但员工仍有权提出异议，并可以通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。

法律建议：

• 对于公司：在调整工资结构或实施考核制度前，应充分与员工沟通协商，确保变更的合法性和合理性。同时，应完善公司的规章制度，确保考核制度的明确性和可操作性。
• 对于员工：如果公司未经同意擅自变更工资结构，员工有权拒绝并要求公司按照原劳动合同支付工资。如果公司通过合法程序修改了规章制度并实施了考核制度，员工应仔细了解考核制度的内容，如有异议可以及时提出并与公司协商解决。如果协商无果，员工可以通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。

可能后果：

• 如果公司未经员工同意擅自变更工资结构，可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。同时，员工也可能因此解除劳动合同并要求公司支付经济补偿。
• 如果公司通过合法程序修改了规章制度并实施了考核制度，但考核制度存在不合理或违法之处，员工同样有权提出异议并维护自己的权益。公司可能因此面临劳动争议诉讼的风险，并需要承担相应的法律责任。