工程超概核定中，违约金是否可以扣抵需分情况讨论，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若工程合同中明确约定了“超概核定情形下违约金可扣抵”的条款（例如约定“因承包方原因导致工程超概，发包方有权从应付工程款中直接扣除违约金”），则双方应按合同履行。此时违约金扣抵具有合法性，但需注意：

   • 违约金金额不得超过实际损失的30%（依据《民法典》第585条），否则法院可能调整；
     
   • 扣抵行为需符合合同约定的程序（如通知义务、结算期限等），否则可能构成违约。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定违约金扣抵，则需分两步判断：

   • 第一步：确认违约金性质
     若违约金属于“赔偿性违约金”（即补偿实际损失），发包方需先证明超概导致的具体损失金额，再主张扣抵。此时扣抵金额以实际损失为限，且需通过协商或诉讼程序确认。
     若违约金属于“惩罚性违约金”（即额外惩罚），则发包方无权直接扣抵，需通过诉讼要求承包方支付。
     
   • 第二步：考虑工程款支付优先级
     根据《建设工程司法解释（一）》第43条，工程款支付具有法定优先权。若发包方未足额支付工程款，承包方可主张优先受偿，此时违约金扣抵可能被认定为“以违约金抵消工程款”，需法院审查是否损害农民工工资等优先权益。

3. 实务建议

   • 对发包方：在合同中明确约定“超概违约金可扣抵工程款”的条款，并约定扣抵程序（如结算时直接扣除、通知义务等）；
     
   • 对承包方：若合同未约定扣抵，可主张违约金与工程款分属不同法律关系，要求发包方单独支付工程款，再通过协商或诉讼解决违约金争议。

总结：违约金能否扣抵需以合同约定为基础，结合违约金性质、工程款支付优先级等综合判断。建议双方在合同中明确约定相关条款，避免争议。如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询。