结论前置：上班迟到扣工资是否违法，需根据具体情况判断。若公司规章制度合法且扣款合理，则不违法；若规章制度违法或扣款不合理，则可能违法。针对此情况，你可以采取以下措施。

一、判断公司规章制度是否合法

1. 规章制度制定程序：

   • 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 若公司规章制度未经上述程序制定，可能被视为违法。

2. 规章制度内容合法性：

   • 规章制度内容不得违反法律、行政法规及政策规定，不得侵犯劳动者合法权益。
   • 若规章制度中关于迟到扣工资的规定过于苛刻，如扣款金额过高或扣款方式不合理，可能被视为违法。

二、判断扣款是否合理

1. 扣款金额：

   • 扣款金额应合理，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 若公司扣款金额超过上述限制，则可能违法。

2. 扣款方式：

   • 扣款应明确、透明，且应与劳动者的迟到行为直接相关。
   • 若公司采取模糊、不透明的扣款方式，或扣款与迟到行为无直接关联，则可能违法。

三、应对措施

1. 与公司协商：

   • 若你认为公司规章制度违法或扣款不合理，可首先与公司进行协商，要求公司修改规章制度或调整扣款方式。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，你可向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若劳动监察部门处理无果，或你对处理结果不满意，你可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资及可能的赔偿金。

四、示例说明

• 示例一：若公司规章制度规定迟到一次扣款50元，但你当月工资为3000元，且扣除50元后剩余工资仍高于当地最低工资标准，则该扣款可能合法。
• 示例二：若公司规章制度规定迟到一次扣款500元，远超过你当月工资的20%，且扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则该扣款违法，你可采取上述应对措施。

五、特别提醒

• 在处理此类问题时，建议你保留好相关证据，如公司规章制度、工资条、考勤记录等，以便在协商、投诉或仲裁时提供有力支持。
• 如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业法律建议。