您好，关于农民占地建房违法后如何变成合法建筑的问题，这确实是一个需要细致处理且遵循严格法律程序的过程。以下是我为您详细梳理的步骤和建议：

一、明确违建情况

首先，您需要明确违建的具体情况，包括违建的性质（如住宅、商业用房等）、位置、面积、建设时间，以及它是否符合当地的土地利用总体规划和城乡规划。这是后续处理的基础，也是决定能否将违建合法化的关键因素。

二、根据规划情况分类处理

1. 符合土地利用总体规划的情况

如果您的违建符合土地利用总体规划，那么您有机会通过补办相关审批手续来使其合法化。具体步骤包括：

• 提交申请：向当地的自然资源部门和规划部门提交补办手续的申请，并附上详细的证明材料，如土地权属证明、建设规划图等。
• 审核与勘查：相关部门会进行实地勘查和审核，确保违建符合规划要求，且不对环境和公共利益造成负面影响。
• 补缴费用：审核通过后，您需要按规定补缴土地出让金、罚款等相关费用。
• 核发证件：完成上述手续后，相关部门会核发合法的用地审批和规划许可证件，使您的建筑合法化。

另外，如果因城市发展或区域规划变化，您的违建符合新规划要求，您还可以向规划部门提出规划调整申请，通过公示、听证等程序，最终使违建依据新规划合法化。

2. 不符合土地利用总体规划的情况

如果您的违建不符合土地利用总体规划，那么情况就相对复杂了。您可能需要：

• 自行拆除或强制拆除：按相关部门要求在规定期限内自行拆除违建，逾期未拆除则可能面临强制拆除。
• 重新申请：拆除后，如果您仍有建设需求，可以根据新的规划和法律法规要求重新申请用地和建设许可。

三、缴纳罚款与整改违建

无论您的违建是否符合规划，只要存在违反法律法规的行为，通常都需要缴纳一定数额的罚款。具体金额会根据违规情况和当地规定来确定。同时，如果违建存在安全隐患或不符合规划要求，您还需要进行整改，包括拆除部分结构或调整建筑布局等，以符合法规要求。

四、验收合格与特殊情况处理

整改完成后，您需要申请相关部门进行验收。如果违建符合法律法规和规划要求，相关部门会颁发合法手续，使其变为合法建筑。另外，对于因历史原因形成的违建或处于城市更新范围内的违建，政府可能会根据具体情况进行甄别和处理，符合条件的可转为合法建筑。

五、注意事项

• 地区差异：不同地区的政策和程序可能存在差异，因此在处理违建合法化时，您必须严格按照当地规定操作。
• 法律程序复杂：违建合法化过程复杂且难度较大，需要综合考虑各种因素并遵循相关法律法规。因此，我建议您在处理过程中咨询专业律师或相关部门的意见。
• 预防为主：最好的方式还是在建设和使用土地时严格遵守法律法规和规划要求，避免违建行为的发生。

综上所述，将违建变为合法建筑是一个复杂且需严格遵循法律程序的过程。我希望这些建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。