在诉讼中，如果单位以上级签订保密协议为由拒绝提供证据，这并不构成合法的拒绝理由。单位有义务配合诉讼，提供相关证据，除非该证据确实涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等法定保密情形。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律义务与保密协议的冲突：

   • 单位在诉讼中有义务提供与案件相关的证据，这是法律规定的诉讼参与人的基本义务。
   • 保密协议虽然对单位和其上级之间具有约束力，但它不能凌驾于法律之上，成为拒绝提供证据的理由。
   • 如果单位认为证据涉及保密内容，应当通过合法途径，如向法院申请保密审理或提出证据保护申请，而不是直接拒绝提供。

2. 法院的调查取证权：

   • 根据法律规定，法院有权向有关单位和个人调查取证，有关单位和个人不得拒绝。
   • 如果单位拒绝提供证据，法院可以依法采取强制措施，如罚款、拘留等，甚至可能对单位的主要负责人或直接责任人员予以处罚。

3. 应对策略：

   • 与单位沟通：首先，可以尝试与单位进行沟通，解释诉讼的需要和法律的义务，争取单位的配合。
   • 向法院申请：如果单位仍然拒绝提供证据，可以向法院提出申请，要求法院责令单位提供证据或采取其他强制措施。
   • 利用法律程序：在诉讼过程中，可以利用法律程序，如申请证据保全、提出异议等，来维护自己的合法权益。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果证据确实涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等法定保密情形，单位应当向法院说明情况，并申请保密审理或证据保护。
   • 在这种情况下，法院会权衡诉讼的需要和保密的要求，作出合理的裁决。

行动建议：

• 如果遇到单位拒绝提供证据的情况，不要慌张，首先确认该证据是否确实与案件相关且必要。
• 尝试与单位进行友好沟通，解释法律义务和诉讼需要，争取单位的配合。
• 如果沟通无果，及时向法院提出申请，要求法院介入调查取证。
• 在整个过程中，保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，务必保持谨慎和专业的态度。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。