公司可优先通过协商、投诉或诉讼方式要求该员工配合变更企业微信实名认证，同时可采取技术手段找回账号或重新注册账号以恢复使用。具体分析如下：

1. 协商解决
   公司可首先尝试与该员工协商，要求其配合完成企业微信实名认证的变更手续。根据《民法典》第一百一十一条规定，自然人的个人信息受法律保护，但员工在职期间基于职务行为将企业微信实名认证至个人名下，该账号实际属于公司财产，员工离职后应返还或协助变更。协商时建议公司保留书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录），以备后续维权使用。

2. 向腾讯公司投诉或申请协助
   若协商无果，公司可向企业微信的运营方腾讯公司提交投诉，说明账号实际归属情况（如账号注册信息、使用记录、员工离职证明等），要求腾讯公司协助变更实名认证或恢复账号控制权。根据《网络安全法》第二十四条，网络运营者应要求用户提供真实身份信息，若腾讯公司认定账号归属存在争议，可能要求双方提供证据或通过法律途径解决。

3. 通过法律途径解决
   若上述方式均无效，公司可向法院提起诉讼，主张该员工侵犯公司财产权（账号归属权）及违反忠诚义务，要求其停止侵害、配合变更实名认证并赔偿损失。诉讼中需提供充分证据证明账号的实际归属（如注册信息、使用记录、员工在职证明等），以及员工行为给公司造成的损失（如业务中断损失、客户流失等）。

4. 技术手段或重新注册账号
   在法律程序进行期间，公司可尝试通过技术手段（如联系企业微信客服、提供公司资质证明等）找回账号控制权；若无法找回，可重新注册企业微信账号并通知客户及合作伙伴更新联系方式，以最大限度减少业务影响。

建议：公司应尽快采取行动，避免因账号长期无法使用导致业务损失扩大。同时，建议公司完善内部管理制度，明确员工在职期间使用公司账号的权限及离职后的交接义务，以避免类似纠纷再次发生。如有进一步疑问或需要协助准备证据材料，可随时向我咨询。