不动产登记部门私自将他人房产登记到其指定人名下，即使经过二十年，这一行为仍然是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 不动产登记的合法性原则：

   • 不动产登记应当遵循合法、真实、准确的原则。不动产登记部门作为行政机关，其职责是依法进行不动产登记，确保登记内容的真实性和合法性。私自将他人房产登记到指定人名下，显然违反了这一原则，属于违法行为。

2. 物权法的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。这意味着，房产的权属变更必须依法进行登记，且登记内容必须真实反映房产的权属状况。私自登记他人房产，侵犯了原房产所有人的合法权益，是无效的。

3. 行政行为的合法性审查：

   • 行政行为必须依法作出，且不得侵犯公民的合法权益。不动产登记部门的私自登记行为，如果未经合法程序，且没有合法依据，那么这一行为就是违法的。即使经过二十年，这一违法行为的性质也不会改变，不会因为时间的流逝而变得合法。

4. 诉讼时效与权利保护：

   • 虽然民事诉讼中有诉讼时效的规定，但这一规定主要适用于请求法院保护民事权利的情形。对于不动产登记部门的违法行为，原房产所有人可以通过行政诉讼等途径寻求救济，而行政诉讼的时效规定与民事诉讼有所不同，且通常更长。此外，即使超过了诉讼时效，原房产所有人仍然可以通过其他途径（如投诉、举报等）维护自己的合法权益。

5. 法律后果与责任追究：

   • 不动产登记部门的私自登记行为，如果构成违法，那么相关责任人员可能会面临行政处分、刑事责任等法律后果。同时，原房产所有人也有权要求不动产登记部门撤销错误的登记，恢复房产的原始权属状况。

建议：

• 如果您发现不动产登记部门存在私自登记他人房产的行为，建议您及时收集相关证据，如房产证、登记记录等，并向相关部门（如不动产登记部门、纪检监察机关等）进行投诉或举报。
• 同时，您也可以考虑通过法律途径（如行政诉讼）维护自己的合法权益。在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，了解具体的诉讼流程和注意事项。

总之，不动产登记部门的私自登记行为是违法的，不会因为时间的流逝而变得合法。原房产所有人有权维护自己的合法权益，并通过合法途径寻求救济。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。