医院因合同违约没收的履约保证金与违约金是否应当上缴财政，需分情况讨论：

1. 公立医院（非营利性医疗机构）
   公立医院属于事业单位，其资金收支通常受《事业单位财务规则》《政府会计制度》等约束。若合同涉及政府采购或财政资金项目（如基建、设备采购），根据《政府采购法实施条例》第四十九条，没收款项原则上应上缴同级国库，作为非税收入管理。若合同属于医院自主经营范畴（如与供应商的普通服务合同），且未明确约定上缴财政，则可能由医院留存用于弥补损失或按内部财务制度处理，但需避免“小金库”风险。

2. 私立医院（营利性医疗机构）
   私立医院作为企业法人，其合同行为受《民法典》合同编调整。没收的履约保证金与违约金属于医院自主收入，无需上缴财政，可直接用于弥补损失或按公司章程分配。但需注意：若合同涉及医保资金、财政补贴等专项资金，可能需按相关资金管理规定处理。

3. 特殊情形：行政协议或政府购买服务
   若医院与政府签订的合同属于行政协议（如公立医院托管协议），或涉及政府购买服务，则可能适用《行政协议司法解释》及财政部门专项规定。此时，没收款项可能需按财政部门要求上缴，具体以合同约定或财政批复为准。

建议：

• 医院应审查合同条款，明确款项性质及处理方式；
  
• 涉及财政资金的项目，提前咨询财政部门或审计机构；
  
• 保留相关凭证，避免因财务处理不当引发合规风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。