结论：使用年假和调休被扣绩效，公司是否违法需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 年假与绩效的关系：

   • 年假性质：年假是劳动者依法享有的休息休假权利，属于法定福利范畴。根据《职工带薪年休假条例》，劳动者在年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。
   • 扣绩效的合法性：若公司因员工休年假而扣除其绩效工资，这通常是不合法的。因为年假是劳动者的法定权利，公司不得因员工行使这一权利而对其进行经济处罚或降低其工资待遇。

2. 调休与绩效的关系：

   • 调休性质：调休是劳动者因工作需要加班后，公司安排其休息以补偿加班时间的一种方式。调休期间，劳动者应享受与正常工作期间相同的工资待遇。
   • 扣绩效的合法性：对于调休期间被扣绩效的情况，同样需要具体分析。如果调休是公司对员工加班的合法补偿，且调休期间员工并未因个人原因导致工作绩效下降，那么公司扣除绩效工资可能是不合法的。然而，如果调休期间员工确实存在工作懈怠或未履行工作职责的情况，公司根据内部规章制度扣除部分绩效工资（非全部），且该规章制度合法有效并已告知员工，那么这种扣除可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需严格满足一定条件。

3. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 规章制度合法性：公司扣除员工绩效工资的行为必须基于合法有效的规章制度。该规章制度应经过民主程序制定，且已告知员工。如果规章制度本身违法或未告知员工，那么公司依据该规章制度扣除绩效工资的行为将是违法的。
   • 劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了年假和调休期间的工资待遇，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定履行。如果公司违反劳动合同约定扣除绩效工资，劳动者有权要求公司支付被扣除的工资，并可能依据劳动合同的约定追究公司的违约责任。

建议：

• 与公司沟通：如果员工认为公司扣除其年假或调休期间的绩效工资是不合法的，首先可以尝试与公司进行沟通，了解扣除的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并保障劳动者的合法权益。
• 保留证据：在整个过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同、公司规章制度等，以便在需要时证明自己的权益。

可能后果：

• 公司违法后果：如果公司确实存在违法扣除员工绩效工资的行为，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付被扣除的工资、加付赔偿金等。同时，公司的违法行为还可能影响其声誉和员工关系，对公司的长期发展产生不利影响。
• 员工维权后果：如果员工通过合法途径维护自己的权益并成功获得赔偿，将有效保障自己的合法权益。同时，这也将增强员工对法律法规的认知和尊重，促进劳动关系的和谐稳定。