员工休年假期间，公司扣绩效工资通常是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十一条：

   • 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。年休假作为法定休假日的一种，劳动者在此期间应享受正常工资待遇，包括绩效工资。

2. 《职工带薪年休假条例》第二条：

   • 机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。

3. 《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条：

   • 职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法也按照相关规定执行，即不应因休年假而扣减绩效工资。

二、绩效工资的性质与发放原则

• 绩效工资的定义：绩效工资是以职工被聘上岗的工作岗位为主，根据岗位技术含量、责任大小、劳动强度和环境优劣确定岗级，以企业经济效益和劳动力价位确定工资总量，以职工的劳动成果为依据支付劳动报酬的工资制度。
• 发放原则：绩效工资的发放应与职工的绩效考核结果挂钩，而非出勤情况。职工在年休假期间并未提供劳动，但按照法律规定应享受与正常工作期间相同的工资收入，包括绩效工资。

三、实际操作中的注意事项与合法处理方式

1. 用人单位的义务：

   • 用人单位应依法保障职工享受年休假的权利，不得因职工休年假而扣减其绩效工资。
   • 在制定薪酬制度和绩效考核方案时，应明确绩效工资的发放条件和标准，避免产生争议。例如，可以规定绩效工资的发放与员工的年度工作表现、项目完成情况等挂钩，而非与出勤天数直接相关。

2. 职工的权益保护：

   • 职工有权要求用人单位按照法律规定支付年休假期间的工资，包括绩效工资。
   • 如遇用人单位违法扣减绩效工资的情况，职工可通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自身合法权益。在申请劳动仲裁或提起诉讼时，职工应提供相关证据，如劳动合同、工资条、休假申请单等，以证明用人单位存在违法行为。

四、特殊情况说明

虽然一般情况下公司扣减休年假员工的绩效工资是违法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果员工在休年假期间违反了公司的相关规定，如未按照规定流程提前申请年假、在年假期间从事与公司业务相竞争的活动等，公司可能会根据内部规章制度对员工进行相应的处罚，其中可能包括扣除部分绩效奖金。不过，这种扣除需要有明确的制度依据和合理的事实理由，并且应事先向员工进行公示和说明。

总结来说，员工在休年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，包括绩效工资。公司不得因员工休年假而扣减其绩效工资。如有争议，建议员工及时咨询专业律师或申请劳动仲裁以维护自身权益。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。