针对您提出的小区公共区域被相关行政部门侵占，属于民事诉讼还是行政诉讼的问题，这主要取决于侵占行为的性质和您的诉求，以下是详细分析：
若行政部门侵占行为属于违法行政行为：
- 行政诉讼角度：如果相关行政部门在没有合法依据的情况下，擅自侵占小区公共区域，这可能构成违法行政行为。在此情况下，您作为小区业主或业主委员会，有权向人民法院提起行政诉讼，要求确认该行政行为违法，并请求行政部门恢复原状或赔偿损失。行政诉讼主要解决的是行政机关与公民、法人或其他组织之间的行政争议。
若行政部门侵占行为涉及民事权益纠纷：
- 民事诉讼角度：如果行政部门侵占小区公共区域的行为，虽然可能以行政名义进行，但实质上侵犯了小区业主的民事权益（如使用权、收益权等），且该行为并非典型的行政行为（如行政处罚、行政许可等），那么您也可以考虑通过民事诉讼途径解决。在此情况下，您需要证明行政部门的行为构成了对您民事权益的侵犯，并请求法院判决行政部门承担相应的民事责任。不过，通常情况下，行政部门侵占公共区域更侧重于行政行为的违法性审查，因此行政诉讼更为常见。
特殊情况下的综合考量：
- 在某些特殊情况下，行政部门侵占小区公共区域的行为可能既涉及行政违法性，又涉及民事权益纠纷。此时，您需要根据具体情况选择最合适的诉讼途径。如果行政行为的违法性是主要争议点，且您希望直接挑战行政行为的合法性，那么行政诉讼是更合适的选择。如果民事权益的损害是主要关注点，且您希望获得民事赔偿或恢复原状等救济，那么民事诉讼可能更为合适。不过，在实际操作中，由于行政诉讼的特殊性（如被告恒定为行政机关、审查行政行为的合法性等），往往更倾向于通过行政诉讼来解决此类问题。
建议：
- 在决定提起诉讼前，建议您先收集相关证据，如照片、视频、行政机关的通知或决定等，以证明行政部门侵占小区公共区域的事实。
- 同时，咨询专业律师（如我，蒋泽勇律师，专注于刑事辩护、行政纠纷等多个领域）的意见，以更准确地判断侵占行为的性质和您的诉求，并选择合适的诉讼途径。
- 如果选择行政诉讼，您需要向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照法院的要求提交相关材料和证据。
总结：小区公共区域被相关行政部门侵占，通常更倾向于通过行政诉讼来解决，但具体还需根据侵占行为的性质和您的诉求来判断。如有需要，请随时向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。