单位内部纪检部门在调查行政案件时，确实存在回避制度。以下是对这一问题的详细分析：
一、回避制度的法律依据与原则
回避制度是法律程序中的一项重要原则，旨在确保调查的公正性和客观性。虽然具体的回避规定可能因单位性质、行业特点以及内部规章制度的不同而有所差异，但回避制度的基本原则和理念是相通的。在行政案件调查中，如果调查人员与案件有利害关系，可能影响公正处理的，应当回避。
二、单位内部纪检部门回避制度的具体应用
利害关系界定：
- 利害关系通常指的是调查人员与案件当事人之间存在直接或间接的利益关联，如亲属关系、经济利益关系等。
- 如果调查人员与案件有利害关系，可能会影响其对案件的客观判断，从而损害调查的公正性。
回避的触发条件：
- 当调查人员意识到自己与案件存在利害关系时，应当主动提出回避。
- 案件当事人也有权要求与案件有利害关系的调查人员回避。
- 单位内部纪检部门在发现调查人员与案件有利害关系时，也应当责令其回避。
回避的程序与后果：
- 回避申请应当以书面形式提出，并说明回避的理由。
- 纪检部门在收到回避申请后，应当进行审查，并作出是否回避的决定。
- 如果调查人员被决定回避，应当立即停止参与案件的调查工作，并由其他无利害关系的调查人员接替。
三、回避制度的意义与保障
保障公正性：
- 回避制度能够确保调查工作的公正性和客观性，避免调查人员因个人利益而影响对案件的判断。
维护当事人权益：
- 当事人有权要求与案件有利害关系的调查人员回避，这是维护其合法权益的重要途径。
提升纪检部门公信力：
- 严格执行回避制度能够提升纪检部门的公信力和权威性，增强公众对纪检工作的信任和支持。
四、实际操作中的注意事项
- 完善内部规章制度：单位应当制定完善的内部规章制度，明确回避制度的具体应用标准和程序。
- 加强培训与教育：对纪检人员进行回避制度方面的培训和教育，提高其法律意识和职业道德水平。
- 强化监督与问责：对违反回避制度的行为进行严肃处理，确保回避制度得到有效执行。
建议：在实际操作中，如果单位内部纪检部门在调查行政案件时遇到回避问题，应当严格按照内部规章制度和相关法律法规进行处理。如果对回避制度的具体应用存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。