被扣押的投资协议等重要资料，在经侦讯问后未立案的情况下，可通过以下途径申请退还：

1. 向原扣押机关提出书面申请
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条，经侦查发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；原扣押的财物需及时返还。您可向原扣押机关（通常为经侦部门）提交书面退还申请，附上未立案的证明材料（如《不予立案通知书》），要求返还被扣押的投资协议等文件。

2. 明确退还主体与程序
   若扣押机关为公安机关，退还程序通常包括：

   • 提交申请：书面说明扣押物品的名称、数量、特征及退还理由；
     
   • 审核流程：公安机关需在3日内审查申请，符合条件的应制作《返还物品清单》并退还；
     
   • 异议处理：若公安机关拒绝退还，可要求其出具书面说明，并依据《刑事诉讼法》第117条向其上级机关申请复议。

3. 特殊情形下的处理

   • 扣押物品涉及其他案件：若投资协议可能涉及其他刑事案件或民事纠纷，公安机关可能暂缓退还。此时需通过法律程序确认物品与案件无关性，例如申请法院调取证据或提起行政诉讼。
     
   • 扣押程序违法：若扣押时未出具《扣押清单》或未依法告知权利，可依据《国家赔偿法》主张行政赔偿，要求返还物品并赔偿损失。

4. 后续法律行动建议

   • 保留证据：妥善保存扣押时的《扣押清单》、讯问笔录及未立案通知书等文件，作为主张权利的依据；
     
   • 协商与投诉：若公安机关拖延处理，可先通过书面催告或当面协商解决；仍无进展的，可向其上级机关或同级检察院投诉；
     
   • 民事诉讼：若扣押行为导致经济损失（如协议延误导致的交易损失），可单独提起民事诉讼要求赔偿。

行动提示：建议优先通过书面申请与扣押机关沟通，明确退还时间节点。若遇阻碍，可携带相关材料面询，我将协助分析扣押程序的合法性并制定具体应对方案。