在合同诈骗罪不成立的情况下，上交的涉案资金应当依法退回，具体退回方式和程序需根据资金性质、保管主体及案件阶段综合判断。以下是详细分析：

1. 资金性质与退回依据

• 涉案资金≠违法所得：若合同诈骗罪不成立，说明涉案资金未被认定为犯罪所得，其性质可能为“合法财产”或“待确认财产”。根据《刑事诉讼法》第145条，对查封、扣押、冻结的财物及其孳息，若与案件无关，应在3日内解除查封、扣押、冻结，予以退还。
• 退回主体：资金可能由公安机关、检察院或法院保管。若案件在侦查阶段，由公安机关负责退回；审查起诉阶段由检察院处理；审判阶段由法院裁定。

2. 退回程序与注意事项

• 申请退回：当事人或其代理人可向办案机关提交书面申请，附上资金来源证明（如合同、转账记录等），要求解除查封/扣押并退还资金。
• 办案机关审查：办案机关需在法定期限内（通常为3日）核查资金与案件的关联性。若确认无关，应立即退还；若存在争议，可能需通过听证或诉讼解决。
• 执行退回：退还方式通常为原路返还（如银行转账），需当事人提供收款账户信息。若资金已上缴国库，需通过国家赔偿程序追回（但此情形较少见）。

3. 特殊情形处理

• 资金被第三人占有：若资金已转移至第三人名下，需通过民事诉讼（如不当得利之诉）主张返还，需证明第三人无合法占有依据。
• 行政程序衔接：若资金被行政机关扣押（如市场监管部门），需依据《行政强制法》第28条申请返还，程序与刑事案件类似。
• 利息与损失赔偿：若资金被长期扣押导致损失（如利息损失），可主张国家赔偿或要求办案机关承担过错责任（需证明其违法或拖延）。

4. 实务建议

• 保留证据：妥善保管资金来源、流转的书面证据（如合同、发票、银行流水），以便证明资金合法性。
• 主动沟通：及时与办案机关联系，了解资金保管状态及退回进度，避免因程序延误导致损失扩大。
• 法律救济：若办案机关拒绝退回或拖延，可向上级机关申诉，或通过行政复议、行政诉讼途径维权。

如有具体案件细节（如资金金额、保管主体、案件阶段等），可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性方案。