在三人共同犯罪中，若两人被批捕而一人未被批捕，起诉意见书仅列明被批捕的两人，这是可能且合理的情形。以下从多个角度为你详细解释：

一、批捕与起诉意见书的关系

批捕是刑事诉讼中的一个强制措施，由检察院决定，旨在确保犯罪嫌疑人不会逃避或妨碍诉讼。而起诉意见书则是公安机关在侦查终结后，向检察院提交的关于犯罪嫌疑人犯罪事实、证据及法律意见的正式文件。批捕与否并不直接决定起诉意见书的内容。即使某人未被批捕，只要公安机关认为其有犯罪嫌疑且证据充分，仍可在起诉意见书中列明其犯罪事实。但在此案例中，起诉意见书未列明未批捕者，可能基于以下原因：

1. 证据不足：公安机关可能认为针对未批捕者的证据尚不充分，不足以支持起诉，因此未在起诉意见书中列明。
2. 案件分工或情节轻微：在共同犯罪中，各犯罪嫌疑人的作用和情节可能有所不同。若未批捕者在犯罪中作用较小或情节轻微，公安机关可能认为无需对其提起公诉，或计划将其作为从犯处理，并在后续诉讼程序中根据具体情况决定。
3. 侦查策略或程序考量：有时，公安机关可能出于侦查策略或程序上的考虑，选择不在起诉意见书中列明所有犯罪嫌疑人。例如，为保护证人或避免打草惊蛇，可能先对主要犯罪嫌疑人提起公诉，再根据后续侦查情况决定是否对其他人提起公诉。

二、未批捕者在后续诉讼程序中的地位

1. 可能继续侦查：若公安机关认为针对未批捕者的证据尚不充分，可能会继续侦查，收集更多证据。在此期间，未批捕者可能仍处于取保候审、监视居住等非羁押状态。
2. 可能被追加起诉：若后续侦查中收集到充分证据，证明未批捕者确实参与犯罪，检察院可能会决定对其追加起诉。此时，未批捕者将面临与已批捕者相同的诉讼程序。
3. 可能不被起诉：若公安机关认为针对未批捕者的证据不足，或其情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，检察院可能会决定不起诉。此时，未批捕者将不会被追究刑事责任。

三、对已批捕者的诉讼程序影响

1. 独立进行：对已批捕者的诉讼程序将独立进行，不受未批捕者情况的影响。检察院将根据起诉意见书中的内容，对已批捕者提起公诉，并由法院进行审理和判决。
2. 共同犯罪中的量刑考量：在共同犯罪中，法院会综合考虑各犯罪嫌疑人的作用、情节及社会危害程度等因素进行量刑。即使未批捕者未被起诉，法院在审理已批捕者案件时，仍可能考虑其在共同犯罪中的地位和作用。

建议：若你或你身边的人涉及此类情况，建议保持冷静，积极配合公安机关和检察院的工作。如有任何疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据你的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。