结论：两个软件著作权的代码完全不一样，但软件全部代码有部分相同，是否构成侵权不能一概而论，需要从多个角度进行综合分析判断。
一、侵权判断的基本原则
在软件著作权侵权判断中，通常采用的是“接触+实质性相似”原则。即，如果被告有机会接触到原告的软件作品，并且被告的软件作品与原告的软件作品在表达上存在实质性相似，那么在没有合理使用等抗辩事由的情况下，可以认定被告构成侵权。
二、代码部分相同的情况分析
相同部分是否构成实质性相似：
- 即使两个软件的全部代码中有部分相同，也需要判断这些相同部分是否构成了软件作品的实质性部分。如果相同部分只是软件中的一些通用代码、标准库函数或者是不具有独创性的表达，那么这些相同部分可能不足以构成实质性相似。
- 如果相同部分是软件中的核心算法、独特的数据结构或者具有独创性的用户界面设计等，那么这些相同部分很可能构成实质性相似，从而增加侵权的风险。
相同部分的来源和合法性：
- 需要考察相同部分的来源。如果被告能够证明这些相同部分是其独立开发的，或者来源于公共领域、开源软件等合法来源，那么被告可能不构成侵权。
- 如果被告无法证明相同部分的合法来源，且原告能够证明其拥有这些相同部分的著作权，那么被告可能构成侵权。
整体软件的功能和目的：
- 除了代码相似性外，还需要考虑两个软件的整体功能和目的是否相似。如果两个软件的功能和目的截然不同，即使代码中有部分相同，也可能不构成侵权。
- 如果两个软件的功能和目的相似，且代码中有实质性相似的部分，那么侵权的风险会进一步增加。
三、可能的法律后果
如果构成侵权：
- 被告可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。
- 在严重的情况下，被告还可能面临刑事责任的追究。
如果不构成侵权：
- 被告可以继续使用其软件作品，无需承担法律责任。
- 但被告也需要注意避免在未来可能出现的类似侵权纠纷中，加强自身的知识产权保护和合规管理。
四、建议
进行专业的代码比对和分析：
- 如果双方对是否构成侵权存在争议，建议进行专业的代码比对和分析，以确定相同部分是否构成实质性相似。
咨询专业律师：
- 在处理软件著作权侵权纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助当事人维护自身权益。不过，你目前有相关问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出专业分析。
加强知识产权保护和合规管理：
- 无论是原告还是被告，都应该加强自身的知识产权保护和合规管理。通过申请软件著作权登记、加强内部保密措施等方式，降低侵权风险并维护自身权益。