新入职第一个月工资少发1000元，可能存在以下几种情况，需结合具体事实和证据分析：

1. 工资计算方式差异
   部分用人单位在首月工资计算时，可能按实际出勤天数折算工资（如月工资5000元，首月工作10天，则应发5000÷21.75×10≈2298元）。若合同约定“月工资包含固定加班费”或“试用期工资折扣”，也可能导致差额。需核对劳动合同中关于工资结构、试用期、计薪周期的条款，以及公司规章制度中关于首月工资发放的规定。

2. 社保、公积金个人部分代扣
   若首月工资中代扣了社保、公积金个人缴纳部分（如养老保险8%、医疗保险2%、公积金5%-12%等），可能导致实发工资减少。需要求用人单位提供工资条，明确扣除项目及金额是否符合当地社保缴费基数和比例规定。

3. 个人所得税预扣预缴
   根据《个人所得税法》，工资薪金所得需按月预扣预缴税款。若首月工资超过5000元起征点，或存在累计收入导致税率跳档，可能产生扣税。可通过“个人所得税”APP查询扣缴明细，核对用人单位是否准确申报。

4. 未发放的补贴或奖金
   若劳动合同或录用通知中约定了交通补贴、餐补、绩效工资等，但首月未发放，可能构成工资差额。需留存相关书面证据，要求用人单位说明未发放原因。

5. 用人单位计算错误或故意克扣
   若排除上述合理原因，且用人单位无法提供合法依据，可能涉及未足额支付劳动报酬。根据《劳动合同法》第38条，劳动者可要求补足差额，并可主张经济补偿（工作满6个月以上按1个月工资计算，不满6个月按半个月工资计算）。

建议行动步骤：

1. 要求用人单位提供工资条，明确工资构成、扣除项目及金额；
   
2. 核对劳动合同、录用通知、公司规章制度，确认工资计算方式是否符合约定；
   
3. 通过社保、公积金官网或APP查询缴费记录，核实代扣金额是否合法；
   
4. 若存在争议，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张权利。
   

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。