车辆合作协议中约定全部由乙方承担相关责任和义务，这样的条款是否合法，需要分情况讨论：

1. 条款内容合法性分析：

   • 一般原则：根据《民法典》的相关规定，合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，如果车辆合作协议中的条款是双方自愿协商达成的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该条款在法律上是有效的。
   • 具体条款内容：然而，如果协议中约定全部由乙方承担的责任和义务涉及到了法律规定的必须由双方共同承担或者由甲方承担的部分，如车辆的质量保证、售后服务、违约责任等，那么这样的条款可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。例如，如果车辆存在质量问题，按照法律规定，销售者（可能是甲方或乙方，取决于具体合同关系）应当承担相应的质量保证责任，如果协议中约定全部由乙方承担，而乙方实际上并非销售者，这样的条款就可能因违反法律规定而无效。

2. 条款公平性分析：

   • 显失公平：即使条款内容在法律上是有效的，但如果该条款显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。因此，如果车辆合作协议中的条款全部由乙方承担责任和义务，而乙方在签订合同时处于不利地位或者缺乏判断能力，这样的条款可能因显失公平而被撤销。
   • 权利义务对等：合同应当遵循公平原则，确定各方的权利和义务。如果协议中全部由乙方承担责任和义务，而甲方不承担任何责任或义务，这样的条款可能违反了公平原则，导致合同的不平衡。在这种情况下，乙方可以主张合同条款无效或者请求撤销合同。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同条款：在签订车辆合作协议前，双方应当仔细审查合同条款，确保条款内容合法、公平、合理。特别是关于责任和义务的承担部分，应当明确各自的权利和义务，避免出现全部由一方承担的情况。
   • 协商修改：如果发现合同条款存在不合法、不公平或者不合理的情况，双方应当及时协商修改，确保合同条款的合法性和公平性。
   • 寻求法律帮助：如果双方在合同条款的审查和修改过程中存在分歧或者无法达成一致意见，可以寻求专业的法律帮助，如咨询律师或者法律机构，以确保合同条款的合法性和有效性。

总结来说，车辆合作协议中约定全部由乙方承担相关责任和义务是否合法，取决于条款内容是否违反法律法规的强制性规定、是否显失公平以及是否违反了公平原则。在签订合同时，双方应当仔细审查合同条款，确保条款的合法性和公平性。如果有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。