结论：工厂不开了且被举报做仿牌，即便货物已无且缺乏直接证据，仍可能面临行政处罚、刑事责任风险以及民事赔偿问题，具体后果需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、行政处罚风险
法律依据：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条，工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
实际情况分析：
- 即便货物已无，但若工商行政管理部门通过其他证据（如销售记录、客户证言、网络痕迹等）认定工厂存在生产仿牌商品的行为，仍可能对工厂进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 处罚的轻重会考虑违法经营额、侵权情节的严重程度等因素。
二、刑事责任风险
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十三条，未经注册商标所有人许可，在同一种商品、服务上使用与其注册商标相同的商标，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- “情节严重”和“情节特别严重”的具体标准，通常根据违法所得数额、销售金额、侵权商品数量等因素综合判断。
实际情况分析：
- 若工厂被举报做仿牌且情节严重，即便货物已无且缺乏直接证据，但若通过其他途径（如银行流水、物流记录、员工证言等）能够证明工厂存在生产、销售仿牌商品的行为，且达到刑事立案标准，工厂的相关责任人员可能面临刑事责任。
- 刑事责任的追究不依赖于货物的存在，而是基于侵权行为的实施和情节的严重程度。
三、民事赔偿问题
法律依据：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
实际情况分析：
- 若工厂被举报做仿牌且构成侵权，即便货物已无且缺乏直接证据，但商标权人仍可能通过其他途径（如市场调研、销售数据对比等）证明其因侵权行为所遭受的损失，并要求工厂进行赔偿。
- 赔偿的数额会根据商标权人的实际损失、工厂的违法所得、商标的许可使用费等因素综合确定。
四、建议与措施
积极配合调查：
- 若工厂被举报做仿牌，应积极配合相关部门的调查，如实说明情况，提供相关证据和资料。
寻求法律帮助：
- 鉴于情况的复杂性，建议工厂及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合适的应对策略。
加强合规管理：
- 工厂应加强合规管理，确保生产经营活动符合法律法规的要求，避免类似问题的再次发生。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，上述分析仅供参考。若您或您的工厂面临类似问题，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。