若涉及退还拿回扣款项后的法律处理，核心结论取决于款项性质、退还时间及是否已产生法律后果，具体分情况说明如下：

1. 若退还时未被司法机关介入，且未造成实际损失
   退还行为本身可视为“主动消除违法后果”，若回扣未涉及公共利益（如非国家工作人员受贿），且未损害第三方权益（如未导致合同不公平），通常可避免刑事或行政处罚。但需注意：

   • 证据固定：需保留退还凭证（如转账记录、书面收据、双方签字确认的退还协议），证明款项已实际退还；
     
   • 内部处理：若涉及公司内部规定（如员工违反廉洁制度），可能仍需接受公司纪律处分（如警告、扣薪），但刑事风险可大幅降低。

2. 若退还时已被司法机关立案调查，或已造成实际损失
   退还行为可能作为“量刑情节”被考量，但无法完全免除责任：

   • 刑事责任：若回扣构成“非国家工作人员受贿罪”（刑法第163条）或“受贿罪”（刑法第385条），退还款项可能被认定为“退赃”，法院在量刑时会酌情从轻处罚，但若金额巨大或情节严重（如多次索贿），仍可能面临刑罚；
     
   • 民事责任：若回扣导致合同相对方受损（如通过贿赂签订不公平合同），相对方可能要求撤销合同或赔偿损失，退还行为不影响其主张权利。

3. 若退还后对方反悔或涉及其他纠纷
   需根据退还协议内容处理：

   • 有书面协议：若退还时双方签订协议（如“退还后不再追究”），对方反悔可能构成违约，可通过民事诉讼要求其履行协议；
     
   • 无书面协议：若仅口头退还，对方可能以“未实际退还”或“退还不足”为由主张权利，此时需依赖转账记录、证人证言等证据抗辩。

建议行动步骤：

1. 立即固定退还证据（如转账记录、书面收据）；
   
2. 评估回扣性质（是否涉及公职人员、公共资金）；
   
3. 若已被调查，如实向司法机关说明退还情况；
   
4. 咨询律师审查退还协议效力，防范后续风险。
   

如有具体场景（如金额、身份、是否被调查等），可进一步补充细节，我会为您分析更精准的处理方案。