退回的回扣1千元，建议根据具体情况采取以下处理方式：

1. 若涉及商业贿赂或违法违规行为
   根据《中华人民共和国刑法》及《反不正当竞争法》，若该回扣属于商业贿赂性质（如为获取交易机会或竞争优势而给予/收受的财物），即使已退回，仍可能涉及违法风险。此时需：

   • 立即停止相关行为，避免继续参与违法活动；
     
   • 主动向公司或监管部门说明情况（如涉及企业），配合调查并提交退回凭证；
     
   • 保留书面证据（如退款记录、沟通记录），以证明已主动纠正行为。
     法律依据：若回扣金额达到刑事立案标准（如个人行贿6万元以上），可能面临刑事责任；未达刑事标准但违反行政法规的，可能被处以罚款或没收违法所得。

2. 若属于民事纠纷或合同返还款项
   若回扣是因合同无效、撤销或解除而需退还的款项（如双方约定“返点”但合同被认定无效），则需：

   • 通过书面协议确认退款性质，明确款项性质为“合同返还款”而非贿赂；
     
   • 留存转账凭证及沟通记录，证明退款合法性；
     
   • 若对方主张其他权利（如要求赔偿），需根据合同条款及实际损失协商或通过法律途径解决。
     风险提示：若退款被误认为贿赂，可能引发不必要的法律纠纷，建议提前固定证据。

3. 若涉及企业内部财务处理
   若回扣是员工因职务行为收受后退回的款项，企业需：

   • 完善内部反贿赂制度，明确禁止收受回扣并规定处罚措施；
     
   • 将退款纳入企业财务账户，避免账外循环；
     
   • 对涉事员工进行合规培训，防止再次发生类似行为。
     合规建议：企业可定期开展反商业贿赂培训，并建立举报机制。

温馨提示：回扣的性质需结合具体场景判断，建议根据实际情况选择上述处理方式。若有进一步疑问（如涉及刑事风险、合同纠纷等），可直接向我咨询，我将结合具体细节提供针对性建议。