结论：加班费不能合并入基础工资，两者应严格区分并分别计算。

详细分析：

1. 法律性质与目的：

   • 加班费是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动所获得的额外报酬，其性质是对劳动者额外劳动的补偿。
   • 基础工资（或岗位工资）则是劳动者在正常工作时间内提供劳动所获得的报酬，是劳动者劳动价值的基本体现。
   • 从法律层面看，加班费与基础工资具有不同的法律性质和目的，因此不能混为一谈。

2. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在特定情形下（如延长工作时间、休息日工作、法定休假日工作）需按照法定标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，即加班费。
   • 这一规定明确了加班费的计算标准和支付条件，与基础工资的计算和支付是分开的。

3. 司法实践认定：

   • 在司法实践中，若用人单位将加班费合并在基础工资中发放，可能会面临法律风险。
   • 当劳动者与用人单位就加班费问题产生争议时，仲裁机构或法院会审查用人单位的工资支付记录和考勤记录等证据。
   • 如果用人单位无法证明其支付的基础工资中包含的“加班费”是按照法律规定的标准和实际加班时间计算得出的，那么用人单位可能需要承担重新支付足额加班费的法律责任。

4. 特殊情形下的有效约定：

   • 尽管一般情况下加班费不能合并在基础工资中，但存在一种特殊情形，即用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了工资包含加班费，并且该工资待遇不低于以当地最低工资标准作为基数计算的加班费与正常工作时间工资之和。
   • 同时，用人单位还需有证据证明已经按照约定支付了包含加班费在内的工资。在这种情况下，该约定可能会被认定为有效。但这种约定必须严格满足各项条件，包括双方的真实意思表示和公平合理的基础。

实际操作建议：

• 用人单位：应单独核算加班费，并以明确的方式向劳动者支付，确保劳动者的合法收入得到保障。同时，建立完善的工资支付记录和考勤记录制度，以备不时之需。
• 劳动者：应了解自己的合法权益，包括加班费的计算标准和支付条件。如遇用人单位违规将加班费合并到基础工资中的情况，应及时向劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。

总结：加班费与基础工资是两种不同的劳动报酬形式，应严格区分并分别计算。用人单位应遵守相关法律法规，单独核算并支付加班费；劳动者也应了解自己的权益，及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。