结论：被打六年，即使有病历且已经立案，是否可以做鉴定取决于多个因素，包括鉴定类型、案件具体情况以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、鉴定类型与时机
伤情鉴定：
- 伤情鉴定通常是在伤害事件发生后尽快进行，以准确评估伤害程度。然而，如果当时未及时进行伤情鉴定，且现在距离伤害事件已经过去六年，进行伤情鉴定的难度会大大增加，因为伤口可能已经愈合，无法准确反映当时的伤害情况。
- 特殊情况：如果病历资料详细且能够证明当时的伤害情况，或者存在其他证据（如目击者证言、监控录像等）能够佐证伤害事实，那么仍然有可能进行伤情鉴定，但鉴定的准确性和可靠性可能会受到影响。
伤残鉴定：
- 伤残鉴定通常是在伤害事件发生后，经过一段时间的治疗和康复，待伤情稳定后进行。如果六年前的伤害导致了长期的残疾或功能障碍，现在仍然可以进行伤残鉴定。
- 伤残鉴定将评估伤害对受害者生活、工作能力的影响程度，并据此确定伤残等级。
二、案件具体情况
- 立案情况：既然案件已经立案，说明公安机关或检察机关已经认为存在犯罪事实，需要进一步调查。这并不影响鉴定的进行，但鉴定的结果可能会影响案件的走向和判决结果。
- 证据收集：除了病历资料外，还需要收集其他证据来支持鉴定申请，如目击者证言、监控录像、医疗记录等。这些证据将有助于证明伤害事实的存在和伤害程度。
三、相关法律法规
- 鉴定程序：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，鉴定应当由具有相应资质的鉴定机构进行，并遵循严格的鉴定程序。
- 时效性：虽然法律没有明确规定伤害事件发生后多久不能进行鉴定，但鉴定结果的准确性和可靠性会随着时间的推移而降低。因此，建议尽快进行鉴定，以避免因时间过长而导致的证据灭失或鉴定困难。
四、建议与行动
- 咨询专业鉴定机构：首先，建议咨询具有相应资质的鉴定机构，了解是否可以进行鉴定以及鉴定的可行性和准确性。
- 收集证据：同时，积极收集与伤害事件相关的证据，如病历资料、目击者证言、监控录像等，以支持鉴定申请。
- 与公安机关或检察机关沟通：如果案件已经立案，建议与公安机关或检察机关沟通，了解他们对鉴定的看法和要求，以便更好地配合调查和鉴定工作。
最后，被打六年后是否可以做鉴定取决于多个因素。如果决定进行鉴定，请务必选择具有相应资质的鉴定机构，并遵循严格的鉴定程序。同时，积极收集证据并与公安机关或检察机关沟通，以确保鉴定的顺利进行和结果的准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。