当营业执照注册人与实际经营者不一致并因此产生财产纠纷时，这是一个涉及法律合规性和责任划分的重要问题。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、明确法律责任与风险
行政责任：
- 根据相关法律法规，如《个体工商户条例》和《中华人民共和国企业法人登记管理条例》，未按规定办理变更登记可能面临罚款、没收非法所得、停业整顿甚至吊销营业执照等处罚。
民事责任：
- 在交易中，若营业执照登记的经营者与实际经营者不一致，可能增加交易风险。一旦发生纠纷，登记的经营者和实际经营者可能需对经营过程中的债务等民事责任承担连带责任。
合同有效性：
- 合同中涉及的主体信息与营业执照不符，可能影响合同的法律效力，导致合同无效或可撤销，进而引发法律纠纷。
二、处理步骤与建议
及时办理变更登记：
- 立即向登记主管机关提交变更申请，确保营业执照上的信息与实际经营者一致。对于个体工商户，原经营者需先办理注销登记，新经营者重新申请办理注册登记；对于企业法人，则直接提交变更申请并换发新营业执照。
核实实际经营者身份与资质：
- 对实际经营者的身份信息和经营资质进行全面核实，确保其具备合法经营资格，不存在违法违规行为。如发现问题，应立即整改或停止相关经营活动。
明确责任划分与签订协议：
- 登记的经营者和实际经营者应通过书面协议明确双方在经营过程中的权利和义务，特别是债务和法律责任。虽然该协议不能对抗善意第三人，但在内部责任划分上具有重要意义。
收集与整理证据：
- 在财产纠纷发生前或诉讼过程中，积极收集与整理相关证据，如合同、交易记录、转账凭证等，以证明实际经营活动的真实情况及两者之间的不一致。
咨询专业律师意见：
- 鉴于此类问题的复杂性，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体案情提供针对性的法律建议和指导，协助制定合适的解决方案，并降低法律风险。
参与诉讼或调解：
- 如果纠纷无法通过协商解决，可能需要参与诉讼或调解。在诉讼过程中，应确保将登记经营者和实际经营者列为共同诉讼人（如适用），并充分展示证据以支持自己的主张。
三、预防措施与建议
加强内部管理：
- 建立健全内部管理和监督机制，确保营业执照信息的准确性和及时性。定期对营业执照进行核查和更新，避免因信息滞后导致的法律问题。
提高法律意识：
- 加强对相关法律法规的学习和理解，提高法律意识。在经营过程中，严格遵守法律法规要求，避免违规行为带来的法律风险。
建立风险预警机制：
- 建立风险预警机制，及时发现并处理可能引发财产纠纷的风险点。例如，定期对合同进行审查和评估，确保合同条款的合法性和有效性。
综上所述，当营业执照注册人与实际经营者不一致并产生财产纠纷时，应立即采取措施进行整改和纠正，并通过明确责任划分、收集证据、咨询专业律师意见等方式来维护自身权益。同时，加强内部管理和提高法律意识也是预防此类问题发生的重要措施。