当营业执照上登记的经营者与出资人或实际经营者不一致时，法院的认定主要基于以下几点进行：

首先，根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释第五十九条规定，营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致的，以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。这意味着，在涉及个体工商户的诉讼中，如果营业执照上的经营者与实际出资或经营者不符，法院会将两者都视为诉讼的参与方。

其次，营业执照具有对外经营的公示效力。这意味着，即使实际经营者与营业执照上的经营者不一致，营业执照上登记的经营者仍然需要对个体工商户的债务承担一定的责任。这是因为营业执照的公示性质使得第三方（如债权人、消费者等）有理由相信营业执照上登记的经营者是负责经营并承担相应责任的主体。

进一步地，如果营业执照上登记的经营者与实际经营者之间存在内部约定，这些约定仅对双方具有约束力，并不能对抗第三方。也就是说，即使登记的经营者与实际经营者之间有协议表明由实际经营者承担全部责任，这种协议也不能作为登记经营者免除其对外责任的理由。

最后，如果登记的经营者因个体工商户的债务被判定承担责任并进行了清偿，他/她可以根据与实际经营者的真实权利义务关系，在内部分清责任。但这并不影响其对外承担的责任。

综上所述，当营业执照与出资人或实际经营者不一致时，法院会综合考虑营业执照的公示效力、内部约定的有效性以及对外责任的分担，从而作出相应的判决。因此，建议在设立个体工商户或进行任何商业活动时，应确保营业执照上的信息与实际情况一致，以避免可能的法律纠纷和风险。