核心结论：父亲有股份的公司和儿子有股份的公司能否同时参加同一招标项目，需根据具体情形判断，主要涉及关联企业投标限制及招标文件要求。以下分情况说明：
1. 若两公司构成“关联企业”且招标文件明确禁止关联企业同时投标
- 法律依据：根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或个人，不得参加投标。单位负责人为同一人或存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或未划分标段的同一招标项目投标。
- 具体分析：
- 若父亲与儿子在两公司中均担任关键职务（如法定代表人、董事、高管等），或两公司存在控股、管理关系（如父子分别持股且公司间存在控制关系），则可能被认定为关联企业。
- 若招标文件明确禁止关联企业同时投标，则两公司均不得参与，否则投标无效，甚至可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）。
2. 若两公司不构成“关联企业”或招标文件未禁止关联企业投标
- 法律依据：法律未绝对禁止关联企业投标，但需满足“不损害招标公正性”的前提。
- 具体分析：
- 若父子仅作为股东（未担任关键职务）且两公司无控股、管理关系，或招标文件未禁止关联企业投标，则两公司可同时参与。
- 但需注意：若两公司在投标中存在串通投标（如协商报价、轮流中标等），将构成违法行为，面临行政处罚甚至刑事责任（《刑法》第二百二十三条）。
3. 特殊情形：招标人主动允许关联企业投标
- 法律依据：招标人有权根据项目特点在招标文件中明确允许关联企业投标，但需设置保障公正性的措施（如要求关联企业分别提交独立投标文件、承诺不串通等）。
- 具体分析：若招标文件明确允许且两公司符合要求，则可同时参与，但需严格遵守招标文件规定。
实务建议
- 核查两公司关系：确认父子在两公司中的职务及股权结构，判断是否构成关联企业。
- 审查招标文件：重点关注“投标人资格条件”“关联企业限制”等条款，明确是否允许关联企业投标。
- 避免串通风险：即使允许同时投标，也需确保两公司独立编制投标文件、独立报价，避免任何形式的串通。
- 咨询专业意见：若关系复杂或招标文件模糊，建议提前向招标人或监管部门确认，降低法律风险。
如有进一步疑问或需具体分析，可直接向我咨询。