在刑事诉讼案件中，程序违法是一个需要高度重视的问题，它直接关系到司法公正和当事人的合法权益。以下是对刑事诉讼案件中程序违法的详细归纳：
一、立案阶段程序违法
应当立案而不立案：
- 公安机关、人民检察院对符合立案条件的犯罪事实或犯罪嫌疑人，未予立案。例如，对于明显达到立案标准的盗窃案件，若被公安机关无理由拒绝立案，即构成程序违法。
不应立案而立案：
- 对没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的案件予以立案侦查。这种行为不仅浪费司法资源，还可能给当事人带来不必要的困扰和损失。
二、侦查阶段程序违法
非法取证：
- 通过刑讯逼供、暴力、威胁等非法方法收集犯罪嫌疑人、被告人供述和证人证言。
- 采取偷录、窃听等手段侵害他人合法权益收集证据。
- 通过不符合法定程序收集物证、书证。
超期羁押：
- 羁押时间超过法律规定期限，严重侵害了犯罪嫌疑人的人身自由权利。
违反回避规定：
- 应当回避的侦查人员未回避，如案件侦查人员是犯罪嫌疑人的近亲属却未主动提出回避并参与案件侦查。
未告知权利：
- 未依法告知犯罪嫌疑人相关诉讼权利，剥夺了其知情权，如未告知其有权委托辩护人等。
非法搜查：
- 执法人员未取得相应执法资格就进行搜查，或者搜查程序不符合法律规定。
超时限询问查证及采用不正当方式：
- 长时间体罚虐待嫌疑人迫使其作出有罪供述。
- 间接诱导犯罪嫌疑人，违反法定询问查证程序。
三、审查起诉阶段程序违法
审查期限违法：
- 人民检察院未在法定期限内对案件作出是否起诉的决定，导致案件拖延。
未依法听取意见：
- 应听取犯罪嫌疑人、辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见而未听取，或未记录在案。
未严格遵循法定程序：
- 如检察机关在审查起诉过程中未依法讯问犯罪嫌疑人。
- 超期审查、违规不起诉、违法退回补充侦查等。
四、审判阶段程序违法
管辖错误：
- 法院受理并审判了不属于自己管辖范围的案件，可能导致审判不公正或后续程序混乱。
审判组织不合法：
- 合议庭法官人数不符合法律规定，或合议庭成员存在应回避而未回避的情形。
违反公开审判规定：
- 依法应公开审判的案件未公开，或在公开审判过程中违反程序规定，限制公众、媒体监督权利。
剥夺被告人诉讼权利：
- 未保障被告人获得辩护的权利，如未为符合条件的被告人指定法律援助律师。
- 限制被告人的陈述、辩论权利，使其无法充分表达观点和意见。
违规采信证据：
- 涂改、隐匿、伪造、偷换和故意损毁证据材料。
- 向合议庭、审判委员会汇报案情时隐瞒主要证据、重要情节和提供虚假材料。
违法判决：
- 在制作诉讼文书时故意违背合议庭评议结果、审判委员会决定。
- 在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为。
超审限结案：
- 未在法律规定审理期限内审结案件，导致案件久拖不决，损害当事人权益。
五、其他程序违法情形
法定步骤缺省：
- 未遵循或未全部遵循法定程序环节，缺少或省略了一定程序环节。
违反法定时限：
增设程序义务：
法定步骤颠倒：
违反法定形式：
- 当法律对诉讼行为有特别形式要求时，未以该形式作出即属程序违法。
违反行政管辖规则（在刑事诉讼中较少见，但也可能涉及）：
总结与建议：
刑事诉讼案件中的程序违法形式多样，后果严重。它不仅损害当事人的合法权益，还严重影响司法公正和司法公信力。因此，司法机关及其工作人员必须严格遵守法定程序，确保司法公正和当事人合法权益。同时，当事人及其辩护人、诉讼代理人也应积极行使权利，对程序违法行为提出异议并要求纠正。如果发现程序违法，可以向相关部门投诉或申请复议、申诉等，以维护自己的合法权益。