刑事案件中的程序违法主要包括以下几种情形，这些情形贯穿于刑事诉讼的各个阶段，严重损害了当事人的合法权益和司法公正：
一、立案阶段
应当立案而不立案：
- 公安机关、人民检察院对符合立案条件的犯罪事实或犯罪嫌疑人，未予立案。例如，明显达到盗窃罪立案标准的案件，若被公安机关以各种理由拒绝立案，即构成程序违法。
不应立案而立案：
- 对没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的案件予以立案侦查。这不仅浪费司法资源，还可能给当事人带来不必要的困扰。
二、侦查阶段
非法取证：
- 通过刑讯逼供、暴力、威胁等非法方法收集犯罪嫌疑人、被告人供述和证人证言；或者采取偷录、窃听等手段侵害他人合法权益；以及通过不符合法定程序收集物证、书证，均属程序违法。这些行为严重影响司法公正，可能导致冤假错案。
超期羁押：
- 羁押时间超过法律规定期限，侵害了犯罪嫌疑人的人身自由权利。超期羁押不仅违反了法律规定，也损害了司法形象。
违反回避规定：
- 应当回避的侦查人员未回避，如案件侦查人员是犯罪嫌疑人的近亲属却未主动提出回避并参与案件侦查，影响案件公正性。回避制度是确保司法公正的重要一环，违反回避规定将严重影响案件的公正处理。
未告知权利：
- 未依法告知犯罪嫌疑人相关诉讼权利，剥夺了其知情权。犯罪嫌疑人在刑事诉讼中享有诸多权利，如辩护权、申请回避权等，未告知这些权利将损害犯罪嫌疑人的合法权益。
非法搜查：
- 执法人员未取得相应执法资格就进行搜查，属于程序违法。搜查必须依法进行，否则将侵犯公民的合法权益。
超时限询问查证及采用不正当方式：
- 如长时间体罚虐待嫌疑人迫使其作出有罪供述，或间接诱导犯罪嫌疑人，均违反法定程序。这些行为不仅违反了法律规定，也损害了司法公正和犯罪嫌疑人的合法权益。
三、审查起诉阶段
审查期限违法：
- 人民检察院未在法定期限内对案件作出是否起诉的决定，导致案件拖延。审查起诉期限是法律规定的，超过期限将损害当事人的合法权益。
未依法听取意见：
- 应听取犯罪嫌疑人、辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见而未听取，或未记录在案，可能遗漏重要信息。听取意见是审查起诉阶段的重要环节，有助于检察机关全面了解案件情况，作出公正的决定。
未严格遵循法定程序：
- 如检察机关在审查起诉过程中未依法讯问犯罪嫌疑人，或超期审查、违规不起诉、违法退回补充侦查等，均属程序违法。这些行为将损害当事人的合法权益和司法公正。
四、审判阶段
管辖错误：
- 法院受理并审判了不属于自己管辖范围的案件，可能导致审判不公正或后续程序混乱。管辖制度是确保案件公正处理的重要一环，违反管辖规定将严重影响案件的公正性。
审判组织不合法：
- 合议庭法官人数不符合法律规定，或合议庭成员存在应回避而未回避的情形，影响案件公正审判。审判组织的合法性是确保案件公正处理的基础，违反审判组织规定将损害司法公正。
违反公开审判规定：
- 依法应公开审判的案件未公开，或在公开审判过程中违反程序规定，限制公众、媒体监督权利。公开审判是确保司法公正和透明的重要制度，违反公开审判规定将损害司法公信力。
剥夺被告人诉讼权利：
- 未保障被告人获得辩护的权利，如未为符合条件的被告人指定法律援助律师；或限制被告人的陈述、辩论权利，使其无法充分表达观点和意见。被告人的诉讼权利是法律赋予的，剥夺这些权利将损害被告人的合法权益和司法公正。
违规采信证据：
- 涂改、隐匿、伪造、偷换和故意损毁证据材料，或向合议庭、审判委员会汇报案情时隐瞒主要证据、重要情节和提供虚假材料，均属程序违法。证据是案件处理的基础，违规采信证据将导致冤假错案的发生。
违法判决：
- 在制作诉讼文书时故意违背合议庭评议结果、审判委员会决定，或在审理案件时有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为，均严重违反法定程序。这些行为不仅违反了法律规定，也损害了司法公正和当事人的合法权益。
超审限结案：
- 未在法律规定审理期限内审结案件，导致案件久拖不决，损害当事人权益。审理期限是法律规定的，超过期限将损害当事人的合法权益和司法效率。
五、其他情形
法定步骤缺省：
- 未遵循或未全部遵循法定程序环节，缺少或省略了一定程序环节。法定程序是确保案件公正处理的重要保障，缺少或省略程序环节将损害司法公正。
违反法定时限：
- 未在法律规定时限内完成相应诉讼活动。时限是法律规定的，超过时限将损害当事人的合法权益和司法效率。
增设程序义务：
- 为当事人增加法定程序以外的义务。程序义务是法律规定的，增设程序义务将损害当事人的合法权益。
法定步骤颠倒：
- 虽然经过了所有法定程序环节，但颠倒了程序顺序。程序顺序是法律规定的，颠倒程序顺序将损害司法公正和当事人的合法权益。
违反法定形式：
- 当法律对行政行为有特别形式要求时，未以该形式作出即属程序违法。法定形式是法律规定的，违反法定形式将损害司法公正和当事人的合法权益。
违反行政管辖规则：
- 处理行政事务、作出行政决定时违反行政管辖分工关系，也构成程序违法。虽然这更多涉及行政诉讼领域，但在刑事诉讼中，如果涉及行政行为的合法性审查，同样需要遵循行政管辖规则。
在面对刑事案件中的程序违法问题时，当事人及其辩护人、诉讼代理人应积极行使权利，对程序违法行为提出异议并要求纠正。同时，司法机关及其工作人员也应严格遵守法定程序，确保司法公正和当事人合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。