总公司一般不能直接对分公司的调解书申请再审，但存在特殊情况。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况：总公司不能直接对分公司调解书申请再审
分公司法律地位：分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，在诉讼程序中，分公司通常可以作为独立的诉讼主体参与诉讼，尤其是在其具有独立的营业执照和一定的财产时。
调解书的效力：调解书是人民法院根据双方当事人的自愿和合法原则，在查明事实、分清是非的基础上，通过调解方式促使双方当事人达成协议而制作的法律文书。调解书一经送达，即具有法律效力，对双方当事人具有约束力。
申请再审的主体：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请再审的主体通常是案件的当事人。在分公司作为诉讼主体参与诉讼并接受调解书的情况下，申请再审的主体应当是分公司本身，而不是总公司。
二、特殊情况：总公司可能间接涉及再审申请
分公司无能力申请再审：如果分公司因某种原因（如被撤销、注销等）无法行使申请再审的权利，且该原因与总公司有关，总公司可能需要在一定程度上承担责任，但这并不意味着总公司可以直接对分公司的调解书申请再审。在这种情况下，总公司可能需要通过其他法律途径（如提起新的诉讼）来维护自身权益。
总公司作为实际权利义务承受者：虽然分公司不具有独立的法人资格，但在某些情况下，总公司可能被视为实际上的权利义务承受者。如果调解书的内容直接涉及到总公司的利益，且分公司无法或不愿申请再审，总公司可以考虑通过法律途径（如向法院提出书面意见、参与再审程序等）来维护自身权益。然而，这并不意味着总公司可以直接作为申请再审的主体。
三、法律建议
审查调解书内容：总公司应首先审查调解书的内容，确定其是否直接涉及到总公司的利益。如果调解书的内容与总公司无关，总公司通常无需过多关注。
与分公司沟通：如果调解书的内容可能影响到总公司的利益，总公司应与分公司进行沟通，了解分公司对调解书的看法和态度。如果分公司愿意申请再审，总公司可以提供必要的支持和协助。
寻求法律帮助：如果总公司认为调解书的内容存在错误或不当之处，且分公司无法或不愿申请再审，总公司可以寻求专业律师的帮助，通过其他法律途径来维护自身权益。
总结来说，虽然总公司不能直接对分公司的调解书申请再审，但在特定情况下，总公司可以通过其他方式间接涉及再审程序。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。