结论：在公司进行破产清算时，借款合同的三年诉讼时效问题需结合具体情况分析，但通常破产清算程序本身不会直接导致诉讼时效的中断或重新计算，除非存在法定事由。以下是对该问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，如果借款合同约定的还款期限已过，且债权人未在三年内提起诉讼或申请仲裁，那么其请求权可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
二、破产清算对诉讼时效的影响
破产清算程序的启动：
- 当公司进入破产清算程序时，其民事行为能力受到限制，但并不意味着所有与公司的债权债务关系都自动中断或重新计算诉讼时效。
- 破产清算程序的启动本身并不构成诉讼时效中断的法定事由。
诉讼时效中断的法定事由：
- 根据《民法典》的规定，诉讼时效中断的事由包括权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等。
- 在破产清算程序中，如果债权人向破产管理人申报债权，并积极参与破产程序，这可能被视为向义务人（即破产公司）提出履行请求的一种形式，从而构成诉讼时效的中断。但具体是否构成中断，还需根据法院的裁判观点和相关证据来判断。
破产清算中的债权申报与确认：
- 在破产清算程序中，债权人需要在规定的期限内向破产管理人申报债权。
- 破产管理人会对申报的债权进行审查，并编制债权表提交债权人会议核查。
- 如果债权人对债权表记载的债权有异议，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼。这一过程本身并不直接涉及诉讼时效的计算问题，但债权人在申报债权和参与破产程序的过程中，应关注诉讼时效的剩余时间，以免因超过时效而丧失胜诉权。
三、实际操作建议
及时申报债权：
- 债权人应在破产清算程序启动后，及时向破产管理人申报债权，并提交相关证据材料。
- 在申报债权时，应明确借款合同的金额、还款期限、利息等关键信息，以便破产管理人准确审查。
关注诉讼时效：
- 债权人在申报债权和参与破产程序的过程中，应密切关注借款合同的诉讼时效剩余时间。
- 如果发现诉讼时效即将届满，应及时采取措施（如提起诉讼或申请仲裁）以中断诉讼时效，保护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 由于破产清算程序涉及复杂的法律问题和程序要求，债权人在参与破产程序时，建议咨询专业律师的意见。
- 律师可以根据债权人的具体情况和破产程序的进展情况，提供针对性的法律建议和帮助。
最后，公司在做破产清算时，借款合同的三年诉讼时效问题需结合具体情况分析。债权人应密切关注诉讼时效的剩余时间，及时采取措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。