结论：基本农田作为低洼地排水不畅时，是否可以填土并不简单取决于其低洼或排水问题，而是需要严格遵守相关法律法规的规定。未经批准擅自填土改变基本农田用途的行为是违法的。
法律背景与解释：
基本农田的定义与保护：
- 基本农田是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。它受到法律的严格保护，任何单位和个人不得擅自改变其用途。
填土行为的法律性质：
- 填土行为，如果未经相关部门批准，擅自改变了基本农田的地貌和用途，可能构成对土地管理法规的违反。特别是当填土行为导致基本农田无法继续用于农业生产时，这种违法性更为明显。
排水问题与填土行为的关联性：
- 虽然低洼地排水不畅可能是一个实际问题，但解决这一问题的方式必须合法。填土并非解决排水问题的唯一或最佳方式，且可能带来其他环境问题（如土壤压实、生态破坏等）。因此，不能仅凭排水不畅就擅自填土。
法律建议与后果：
合法途径解决排水问题：
- 如果基本农田存在排水不畅的问题，建议首先通过合法途径寻求解决方案，如向当地农业部门或水利部门报告，申请相关工程措施来改善排水条件。
避免擅自填土：
- 切勿未经批准擅自填土，否则可能面临法律责任，包括但不限于罚款、恢复原状、甚至刑事责任（如果行为构成犯罪的话）。
咨询与审批：
- 如果确实需要进行填土或其他土地改良活动，务必事先咨询当地土地管理部门或农业部门，了解相关法律法规和审批程序，并按照规定程序申请批准。
可能的具体法律后果：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，擅自改变基本农田用途的，可能面临责令限期改正、没收违法所得、罚款等行政处罚。
- 如果填土行为导致基本农田严重破坏或无法恢复的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
总结与进一步思考：
- 基本农田的保护是法律的重要原则，任何改变其用途的行为都必须严格遵守法律法规。
- 在面对排水不畅等实际问题时，应寻求合法、科学的解决方案，而不是擅自采取可能违法的行动。
- 如果有任何关于土地管理、基本农田保护等方面的疑问或需求，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。