结论：纪委在处理不正当男女关系且双方不承认的情况时，会依据其内部的调查程序和规定进行深入调查，收集相关证据，并根据调查结果作出相应处理。以下是对此问题的详细分析：

一、纪委的调查程序

纪委在接到关于不正当男女关系的举报或线索后，会启动调查程序。这一程序通常包括以下几个步骤：

1. 初步核实：纪委会对举报内容进行初步核实，以确定是否存在足够的线索和证据来支持进一步的调查。
2. 深入调查：如果初步核实认为有必要，纪委会进行深入调查，包括询问相关人员、查阅相关资料、收集证据等。
3. 形成调查报告：调查结束后，纪委会形成调查报告，详细记录调查过程、收集到的证据以及调查结论。

二、双方不承认的情况处理

在调查过程中，如果双方都不承认存在不正当男女关系，纪委会采取以下措施：

1. 加强证据收集：纪委会进一步加大证据收集力度，包括寻找目击者、调取监控录像、分析通讯记录等，以形成完整的证据链。
2. 询问技巧：纪委调查人员会运用专业的询问技巧，试图从双方的陈述中找到矛盾点或不一致之处，从而揭示真相。
3. 考虑其他因素：除了直接的证据外，纪委还会考虑其他因素，如双方的关系背景、行为表现等，以辅助判断是否存在不正当男女关系。

三、可能的处理结果

根据调查结果，纪委会作出相应的处理决定：

1. 如果证据确凿：如果纪委收集到了足够的证据证明双方存在不正当男女关系，那么会根据相关规定对双方进行纪律处分，如警告、记过、降级、撤职等。
2. 如果证据不足：如果纪委无法收集到足够的证据来证明双方存在不正当男女关系，或者证据存在矛盾无法形成完整证据链，那么可能会作出不予处分的决定。但需要注意的是，即使不予处分，纪委也可能会对双方进行诫勉谈话或提醒教育等。

四、法律建议

1. 配合调查：如果双方被纪委调查，应该积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。试图隐瞒或歪曲事实只会加重处罚。
2. 保护自身权益：在调查过程中，双方也有权保护自己的合法权益，如要求纪委出示相关证据、对调查过程进行监督等。如果认为纪委的调查行为存在违法或不当之处，可以向相关部门进行投诉或申诉。
3. 寻求法律帮助：如果双方对纪委的处理决定存在异议或不服，可以寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的权益。

作为专注于婚姻家庭领域的律师，我建议你在面对此类问题时，保持冷静和理性，积极配合相关部门的调查工作，并在必要时寻求专业的法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。