在处理涉及不正当男女关系且证据不完整的案件时，纪委会遵循一套严格、规范且注重合法性与公正性的流程。以下是对这一处理流程的详细阐述：
一、线索收集与初步评估
纪委首先会通过多种渠道收集线索，这些渠道包括但不限于信访举报、巡视巡察、专项检查以及其他部门移送等。在收到线索后，纪委会对线索进行初步评估，判断其是否具有一定的可查性。对于初步评估认为有价值的线索，纪委会进一步开展工作。
二、初步核实与证据收集
制定初步核实方案：对于有一定可查性的线索，纪委会成立核查组，并制定详细的初步核实方案。该方案会明确核查的范围、方法、步骤以及时间安排，以确保核查工作的有序进行。
收集证据：核查组会通过谈话了解情况、查阅文件资料、调取通讯记录等多种方式收集证据。在收集证据的过程中，纪委会注重证据的真实性和可靠性，确保证据能够客观反映事实情况。
分析判断：对收集到的证据进行综合分析判断，以确定线索所反映的问题是否存在以及问题的严重程度。如果证据不完整或存在疑问，纪委会进一步深入调查，以获取更多证据。
三、立案审查与深入调查
决定立案：经过初步核实，如果纪委认为党员干部的不正当男女关系问题事实基本清楚，且需要追究党纪责任的，会按照规定的权限和程序进行立案审查。
审查调查：立案后，审查组会全面深入地开展调查工作。这包括询问证人、讯问被审查人、调取书证物证等，以查明问题的事实真相。在审查过程中，纪委会严格遵循法定程序，保障被审查人的合法权益。
证据补充与固定：如果初步收集的证据不完整，审查组会继续补充收集证据，并确保所有证据都得到妥善固定。这包括通信记录、视频资料、照片、证人证言等，以确保后续处理的准确性和公正性。
四、分析研判与处理决定
分析研判：在收集到足够证据后，纪委会对案件进行全面分析研判。这包括确定是否存在不正当男女关系、情节的严重程度以及可能涉及的违法违纪行为等。
作出处理决定：根据分析结果和法律规定，纪委会作出相应的处理决定。这可能包括对涉事人员进行纪律处分（如批评教育、诫勉谈话、警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等），或者移送司法机关处理等。同时，根据干部管理权限，纪委还可能建议有关部门给予相应的政纪处分或组织处理。
五、执行处理与后续工作
执行处理决定：处理决定作出后，纪委会及时送达被处理人及其所在单位，并在一定范围内宣布。相关部门会按照处理决定执行，如涉及职务调整的，会及时办理职务任免手续；涉及党纪政纪处分的，会按照规定的时间和要求将处分决定存入被处理人的档案。
公示与教育：对于查处的典型案件，纪委可能会进行公示，以起到警示和教育作用。同时，纪委还会加强对党员干部的廉洁教育和监督管理，预防类似问题的再次发生。
六、注意事项
综上所述，纪委在处理涉及不正当男女关系且证据不完整的案件时，会遵循一套严格、规范且注重合法性与公正性的流程。这一流程确保了纪委能够客观、准确地查明事实真相，并作出相应的处理决定。