没有直接证据证明不正当男女关系时，纪检部门通常会采取进一步调查、核实的方式，并依据查实的事实情况，按照相关规定和程序进行处理。具体分析如下：

一. 调查与核实

1. 初步调查：纪检部门在接到举报或发现可能存在不正当男女关系的线索后，会进行初步调查。这一阶段主要是收集相关信息，了解事情的大致经过。

2. 深入核实：如果初步调查认为存在进一步调查的必要，纪检部门会进行深入核实。这可能包括与相关人员谈话、调取相关证据等，以尽可能还原事实真相。

• 例如，纪检部门可能会分别找涉事双方进行谈话，了解他们的说法和解释，并寻找可能的证人或物证。

二. 处理依据

1. 事实为依据：纪检部门的处理必须基于查实的事实。如果没有直接证据证明不正当男女关系，那么就不能轻易作出定论。

2. 相关规定和程序：纪检部门在处理过程中会严格遵循相关规定和程序，确保处理的公正性和合法性。

三. 处理结果

1. 若无法查实：如果经过深入调查仍然无法查实不正当男女关系，纪检部门可能会作出无法查实的结论，并结束调查。

2. 若查实存在：如果查实存在不正当男女关系，纪检部门会根据相关规定和程序，对涉事人员进行相应的处理，如警告、记过、降职等。

我建议，如果你或你身边的人面临这样的情况，应积极配合纪检部门的调查，如实陈述事实，提供可能的证据线索。同时，也要保持冷静和理智，不要因为没有直接证据而过度担心或恐慌。如有进一步需要，您可以继续咨询我。