施工单位或监理单位不配合移交材料时，可通过以下方式处理，确保材料移交合法合规并降低法律风险：
核查合同条款，明确移交义务与违约责任
首先需审查施工合同、监理合同或相关补充协议中是否明确约定了材料移交的具体要求（如移交时间、内容、方式、责任主体等）。若合同已明确约定监理单位或施工单位负有移交义务，可依据合同条款向对方发送书面催告函，要求其限期履行义务，并明确逾期移交的法律后果（如违约金、赔偿损失等）。若合同未明确约定，可结合行业惯例或相关法律法规主张权利。
通过书面催告固定证据，为后续维权提供依据
若对方拒绝配合，施工单位或建设单位应立即通过书面形式（如EMS邮寄、电子邮件、微信等可留痕的方式）向对方发送《关于限期移交工程资料的催告函》，明确要求对方在指定期限内移交材料，并告知逾期移交将采取法律措施。催告函需保留送达凭证（如签收记录、邮件回执等），以证明已履行催告义务，为后续主张权利提供证据支持。
向建设行政主管部门投诉或申请调解
若对方仍不配合，可向当地建设行政主管部门（如住建局、质监站等）投诉，请求主管部门介入协调或责令对方移交材料。部分地区建设主管部门设有工程结算或资料移交专项调解机制，可通过行政途径推动问题解决。投诉时需提交合同、催告函、沟通记录等证据材料，以增强主张的可信度。
通过诉讼或仲裁主张权利，强制移交材料
若行政途径无法解决问题，可依据合同中的争议解决条款（如仲裁条款或诉讼管辖约定）向法院起诉或申请仲裁，要求对方履行移交义务，并赔偿因逾期移交造成的损失（如工期延误损失、二次整理费用等）。诉讼或仲裁过程中，可申请法院或仲裁机构责令对方立即移交材料（行为保全），或通过司法鉴定、专家辅助人等方式确定材料缺失对工程的影响，为赔偿主张提供依据。
特殊情形下的替代方案：自行整理或委托第三方补全材料
若对方拒不移交且材料对工程验收、结算或后续使用至关重要，可考虑自行整理或委托专业机构（如检测单位、档案整理公司）补全材料，并保留相关费用支出凭证。后续可通过诉讼或仲裁要求对方承担补全费用及相应损失。但需注意，自行补全材料可能存在风险（如材料真实性争议），建议优先通过法律途径迫使对方移交。
风险提示：材料移交纠纷可能涉及工程验收、结算、保修等后续环节，若处理不当可能导致工期延误、质量责任无法划分等连锁反应。建议根据材料重要性、对方配合程度及时间成本综合评估处理方式，必要时委托律师介入，制定系统性解决方案。