结论：农村老宅基地上房屋不能住人时，合法改造需遵循相关审批流程与规定；维护自身权益则需明确产权、保留证据并依法维权。以下为详细分析：
一、合法改造的方式
遵循规划与审批
- 规划要求：根据《城乡规划法》的规定，在农村进行房屋改造，需符合乡、村庄规划。改造前，应了解当地乡、村庄规划的具体要求，确保改造方案不违反规划规定。
- 审批流程：改造前需向当地乡镇人民政府或相关部门提出申请，提交改造方案、土地使用证明等材料。经审核同意后，方可进行改造。未经批准擅自改造的，可能面临拆除、罚款等法律后果。
符合建筑安全标准
- 结构安全：改造过程中，应确保房屋结构安全，符合建筑抗震、抗风等设计要求。对于老旧房屋，可能需要进行结构加固或重建，以确保居住安全。
- 消防安全：改造后的房屋应符合消防安全标准，配备必要的消防设施，如灭火器、烟雾报警器等。
保护生态环境
- 环保要求：改造过程中，应遵守环保法规，减少对环境的污染和破坏。例如，合理处理建筑垃圾，避免污染水源和土壤。
- 绿色建筑：鼓励采用绿色建筑技术和材料，提高房屋的能效和环保性能。
二、维护自身权益的方式
明确产权
- 宅基地使用权证：确保自己拥有宅基地的使用权证，这是证明自己对宅基地拥有合法使用权的重要依据。
- 房屋所有权证：如果房屋已经办理了房屋所有权证，也应妥善保管，以证明自己对房屋拥有合法所有权。
保留证据
- 改造前证据：在改造前，对房屋的现状进行拍照或录像，保留相关证据。这有助于在后续维权过程中证明房屋的原状和改造的必要性。
- 改造过程证据：在改造过程中，保留好施工合同、付款凭证等证据，以证明改造的合法性和合规性。
依法维权
- 协商解决：如果与邻居或相关部门在改造过程中发生纠纷，应首先尝试通过协商解决。协商过程中，应保持冷静和理性，寻求双方都能接受的解决方案。
- 行政投诉：如果协商无果，可以向当地乡镇人民政府或相关部门进行行政投诉，请求其介入调解或处理。
- 法律诉讼：如果行政投诉也无法解决问题，可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。在诉讼过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的判决和裁定。