核心结论：在农村不合法的宅基地上建房，房屋可能面临被责令限期拆除、没收、罚款等处理，具体需结合宅基地不合法的情形、房屋建设情况以及相关政策规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 宅基地来源不合法且房屋未建成

   • 如果宅基地是通过非法买卖、占用耕地等违反法律法规强制性规定的方式取得，且房屋尚未建成，那么相关部门（如自然资源部门、农业农村部门等）有权责令停止建设行为，并要求恢复土地原状。这是因为宅基地的取得必须符合法定条件和程序，非法取得的宅基地不受法律保护，在此基础上进行的建设活动自然也不被允许。
   • 例如，某村民未经批准擅自占用基本农田作为宅基地建房，在房屋地基刚打好时被相关部门发现，此时相关部门会责令其停止建设，拆除已建部分，将土地恢复为耕地状态。

2. 宅基地来源不合法但房屋已建成

   • 责令限期拆除：对于严重违反土地利用总体规划，占用基本农田等重要农用地进行建设的房屋，相关部门会作出责令限期拆除的决定。这是为了保护耕地资源，维护土地利用的合理性和可持续性。例如，村民在基本农田上建起了住宅，这种行为严重破坏了耕地保护制度，房屋会被要求限期拆除。
   • 没收：如果房屋建设虽然不符合宅基地合法取得的要求，但符合土地利用总体规划，相关部门可能会对房屋予以没收。没收后的房屋通常会根据实际情况进行处理，比如作为公共设施使用等。比如，村民在集体建设用地上未经审批建房，但该建设符合当地土地利用总体规划，房屋可能会被没收。
   • 罚款：除了上述拆除或没收的处理方式外，相关部门还可能根据违法情节的轻重，对建房者处以罚款。罚款的数额会根据违法事实、性质、情节以及社会危害程度等因素确定。例如，建房者存在故意隐瞒、抗拒执法等情节，可能会面临较高金额的罚款。

3. 特殊情况处理

   • 历史遗留问题：对于一些因历史原因形成的不合法宅基地上的房屋，处理方式会有所不同。如果房屋建设时间较早，且在当时符合一定的政策规定或当地习惯，相关部门可能会在综合考虑各种因素后，采取相对灵活的处理方式，如补办相关手续使其合法化，或者给予一定的补偿后进行拆除等。例如，在某个地区，由于过去宅基地管理不够规范，部分村民在不符合当时规定但符合当地实际情况的宅基地上建房，且已居住多年，对于这类房屋，政府可能会根据实际情况制定相应的政策进行处理。
   • 符合规划可补办手续：如果房屋建设虽然宅基地取得不合法，但房屋本身符合当地的村庄规划，且建房者符合宅基地申请条件，在经过一定的程序后，有可能补办相关的宅基地审批手续，使房屋合法化。例如，村民因不了解宅基地审批流程，未批先建，但房屋符合村庄规划，且家庭确实需要宅基地，在按照规定补交相关材料、缴纳相关费用后，可能会获得宅基地的使用权，房屋也随之合法。

建议：如果你面临在农村不合法宅基地上建房的情况，或者房屋已经建成但宅基地不合法，建议及时与当地的自然资源部门、农业农村部门等相关机构沟通，了解具体的处理政策和要求。同时，积极配合相关部门的工作，按照规定进行处理，以减少不必要的损失。如果你对具体的处理方式或相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询。