结论：医院违法所得已经退给当事人后，是否还能被没收，需根据具体情况判断，若违法所得的退还未完全消除违法行为的法律后果，或存在其他应没收情形，则仍可能被没收。以下从不同角度详细分析：
一、违法所得退还与没收的关系
退还违法所得的性质：
- 退还违法所得通常是违法行为人对其非法获取的利益进行主动或被动的返还，旨在恢复被侵害人的权益或弥补损失。
- 退还行为本身并不免除违法行为人可能面临的行政处罚或刑事处罚，除非法律另有规定。
没收违法所得的法律意义：
- 没收违法所得是行政机关或司法机关对违法行为人非法获取的财物进行强制收缴的措施，旨在剥夺其非法利益，维护法律秩序。
- 没收违法所得通常作为行政处罚或刑事处罚的一部分，与罚款、拘留、有期徒刑等处罚措施并行或单独适用。
二、已退还违法所得是否仍可没收
退还未完全消除违法后果：
- 如果退还违法所得并未完全消除违法行为的法律后果，如未对违法行为人进行其他处罚，或违法行为造成了其他损害（如社会公共利益受损），则行政机关或司法机关仍可能决定没收违法所得。
- 例如，在医疗纠纷中，医院因违规收费获取违法所得，即使已退还患者，但若违规行为严重损害了医疗秩序或患者权益，卫生行政部门仍可能对医院进行行政处罚，包括没收违法所得（若未退还部分或存在其他应没收情形）。
存在其他应没收情形：
- 即使违法所得已全部退还，但若违法行为人存在其他应没收财物的情形（如非法持有的违禁品、用于违法行为的工具等），行政机关或司法机关仍可依法进行没收。
- 在医疗领域，若医院使用非法渠道获取的医疗器械或药品进行诊疗活动，并因此获取违法所得（如诊疗费），即使已退还患者诊疗费，但非法器械或药品仍可能被没收。
法律特别规定：
- 某些法律可能特别规定，即使违法所得已退还，仍需进行没收或其他处罚。这通常取决于违法行为的性质、情节及法律的具体规定。
- 例如，在特定医疗诈骗案件中，法律可能规定即使诈骗所得已退还被害人，但诈骗行为人仍需承担刑事责任，并可能面临罚金或没收财产等处罚。
三、实际操作中的考量因素
违法行为的性质与情节：
- 行政机关或司法机关在决定是否没收违法所得时，会综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度等因素。
- 轻微违法行为且已主动退还违法所得的，可能不再进行没收；但严重违法行为或拒不退还的，则更可能面临没收等严厉处罚。
法律程序的遵循：
- 没收违法所得需遵循严格的法律程序，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出决定等环节。
- 即使违法所得已退还，但若行政机关或司法机关认为存在没收必要，仍需依法进行程序并作出决定。
四、建议与风险提示
对于医院而言：
- 应严格遵守医疗法律法规，避免违规收费、使用非法器械或药品等行为，以防范违法所得的产生及没收风险。
- 若已产生违法所得并退还患者，仍需关注行政机关或司法机关的后续处理决定，并积极配合调查与执行工作。
对于患者而言：
- 若发现医院存在违规行为并获取违法所得，可及时向卫生行政部门或司法机关举报并要求处理。
- 在举报过程中，应保留好相关证据（如收费凭证、诊疗记录等），以便行政机关或司法机关进行调查与取证。
如有具体医疗纠纷或违法所得处理问题，可直接向我咨询。我将结合您的具体情况与相关法律法规，为您提供专业、全面的法律建议。