公司在被调查期间自行注销的，其后续处置需根据注销程序合法性及调查事项性质分情况讨论，具体如下：

1. 若注销程序合法且无逃避调查故意
   根据《公司法》第188条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告并报股东会、股东大会或人民法院确认，同时报送公司登记机关申请注销登记。若公司在被调查期间依法完成清算程序（包括通知债权人、公告、清偿债务等），且注销行为未被认定为逃避监管或调查，则公司主体资格消灭后，调查机关通常需终止针对公司的调查程序。但需注意：

   • 股东/董事责任：若清算组未依法履行通知义务或存在故意隐瞒债务，债权人可依据《公司法司法解释二》第11-20条，要求清算组成员（如股东、董事）对未清偿债务承担赔偿责任；
     
   • 行政调查转化：若调查事项涉及行政违法（如环保、税务等），即使公司注销，行政机关仍可依据《行政处罚法》第36条，对原公司直接负责的主管人员和其他直接责任人员追究行政责任。

2. 若注销程序违法或存在逃避调查故意
   若公司通过虚假清算报告、未依法通知债权人、隐匿财产等方式恶意注销以逃避调查，可能面临以下法律后果：

   • 行政责任：市场监管部门可依据《市场主体登记管理条例》第40条，撤销公司注销登记，恢复公司主体资格，并处以5万元以上20万元以下罚款；
     
   • 刑事责任：若注销行为涉及妨害公务、隐匿会计凭证等犯罪（如《刑法》第162条之一隐匿、故意销毁会计凭证罪），直接责任人员可能被追究刑事责任；
     
   • 调查程序延续：调查机关可要求市场监管部门恢复公司登记状态，或直接对原公司股东、董事等责任主体展开调查，追究其个人责任。

3. 特殊情形：公司注销后发现刑事犯罪线索
   若公司在注销后被查实存在刑事犯罪（如诈骗、非法集资等），公安机关可依据《刑事诉讼法》第109条，以“对犯罪嫌疑人立案侦查”为由，对原公司实际控制人、主要负责人等自然人主体启动刑事程序，不受公司注销影响。

实务建议：

• 若公司确需注销，应严格履行清算程序，保留完整财务记录、债权人通知凭证等材料，避免被认定为恶意注销；
  
• 若公司已被调查，建议暂缓注销程序，待调查结论明确后再行处理，以降低法律风险；
  
• 如已注销且面临调查，应主动配合提供清算报告、财务账册等材料，证明注销程序合法性，避免责任扩大。
  

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